Эти занятия привели его к выводу, что руководители филипповского согласия отошли от учения поморских отцов, к которым возводили себя филипповцы, и первых филипповских наставников. 8 августа 1781 г. Евфимий объявил о прекращении общения в молитве и в еде со своими единоверцами, считая их отпавшими от истинной веры, принёс покаяние затворнику-филипповцу Петру Михайловичу в том, что в своё время подписал «Стостатейник». В эти годы Евфимий продолжал писать видным деятелям филипповского согласия, обвиняя бывших единоверцев: «Первое – в нарушении отеческаго предании, та же в приятии новоженческаго и староженческаго закона (новожёны – вступившие в брак члены согласия, старожёны – люди, сочетавшиеся браком до присоединения к старообрядчеству), потом и в предъявленных ваших неисправлениих, кая вами узаконися, “ничесого ни на ком не искати”». Евфимий настаивал на том, что все нестроения следовало обсудить и «упразднить болшим общебрацким от всех стран братии возвания советом». Ответом на письма Евфимия стало объявление его московской общиной Ивана Алексеева раскольником и инспирированное Иваном Алексеевым преследование Евфимия со стороны главы ярославских филипповцев инока Феодосия. В 1782 г. Евфимий составил сочинение «Обоснование разделения с филипповцами» (Российская государственная библиотека, автограф, название дано исследователями), включившее послания инока 1781–1782 гг. различным адресатам и фрагменты из филипповских сочинений. Евфимий подробно описал происшедшие во время его пребывания в филипповском согласии события и попытался представить внутренние распри как отступление от истинного вероучения. В ходе противостояния с филипповцами Евфимий осознал себя единственным борцом за чистоту веры в согласии. В конце 1781 г. он поставил вопрос о необходимости перекрещивать филипповцев, «приходящих к православной церкви», единственным представителем которой он считал себя, и начал устроение этой «православной церкви». При этом Евфимий обратился к идеям, которые были сформулированы ранними странниками, самоопределившимися в 1760 гг. Основная их мысль заключалась в том, что совершенным христианином человека делает бегство из мира, находящегося под властью антихриста, правление которого миром осуществляется через государственные установления (власть императора), поэтому подчинение государству для истинных христиан невозможно. Эта идеология фактически господствовала среди последователей «старой веры» в первой половине XVIII в., пока действовали установления в отношении старообрядцев, введённые Петром I, в соответствии с которыми легализация старообрядцев была чрезвычайно затруднена.