В 858 г. в связи с удалением с патриаршего престола Игнатия и восшествием на престол Фотия игумен Николай был вынужден покинуть обитель, а Евфимий Новый Фессалоникийский, проведя 15 лет на Вифинском Олимпе, решил отправиться на Афон, приняв перед этим великую схиму от отшельника Феодора. В Никомидии Евфимий Новый Фессалоникийский передал своей семье, считавшей его погибшим, наставление, призывая оставить мирскую жизнь. Мать, сёстры и жена Евфимия Нового Фессалоникийского вскоре ушли в монастырь, а дочь Анастасо вышла замуж и продолжила род. На Афоне Евфимий Новый Фессалоникийский и армянский монах Иосиф вели аскетическую жизнь: сорок дней находились под открытым небом и питались травой, затем на три года затворились в пещеру. Иосиф покинул пещеру через год, а Евфимий Новый Фессалоникийский остался там до конца срока и был искушаем бесом, который являлся ему в виде арабов и змея. По мнению Х.М. Лопарёва, Иосиф выдержал весь срок в три года, а Евфимий Новый Фессалоникийский задержался в пещере ещё дольше, но это предположение противоречит тексту Жития. Оставив затворничество, Евфимий Новый Фессалоникийский отправился на Олимп, чтобы разыскать отшельника Феодора, который, тяжело заболев, перебрался на Афон и вскоре там скончался. Узнав об этом, он перевёз его тело в Фессалонику и похоронил в церкви св. Созонта, после чего в одном из пригородов взошёл на столп. Пробыв там около года и сотворив множество чудес, Евфимий Новый Фессалоникийский решил вновь удалиться на Афон, т.к. к столпу стекалось слишком много людей. По дороге посетил архиепископа Фессалоникийского Феодора, который рукоположил его во диакона (864 г.). Однако и на Афоне Евфимию Новому Фессалоникийскому не удалось обрести тишину, и через три года он вернулся в Фессалонику, где был рукоположён во пресвитера, а затем перебрался на остров Неон, откуда вскоре был вынужден уехать, т.к. остров был захвачен арабами, и Евфимий Новый Фессалоникийский чудом избежал плена. Монахи, бежавшие с островов, расселились по небольшим деревням в глубине полуострова Халкидики, Евфимий Новый Фессалоникийский с Иосифом – в селении Врастама. После кончины Иосифа Евфимию Новому Фессалоникийскому было указано в видении снова отправиться в Фессалонику и отыскать в восточном пригороде превращённую в загон для скота церковь апостола Андрея Первозванного. Евфимий Новый Фессалоникийский нашёл развалины этого храма и вместе с несколькими монахами восстановил его (870–871 гг.).