Как Елевферий, так и митрополит Николай (Ярушевич) и архиепископ Макарий (Оксиюк) неоднократно упоминали, что переход греко-католиков в православие в обязательном порядке должен быть предварён широкой разъяснительной работой среди духовенства и мирян этой конфессии. Иерархи настаивали на том, что в Восточной Словакии должна проводиться «постоянная подготовительная работа в низовых массах» и что необходимо также создать здесь инициативную группу для работы среди униатов. Однако церковная комиссия Коммунистической партии Чехословакии (КПЧ) приняла решение форсировать процесс воссоединения греко-католиков с православием. Поэтому Елевферий, в целом поддерживая перспективу возврата униатов в лоно православной церкви, всё же уклонялся от активного участия в подготовке воссоединения, полагая, что оно должно быть результатом свободного выбора самих греко-католиков. 28 апреля 1950 г. в Прешове было намечено проведение конференции представителей воссоединительных комитетов. Предполагалось, что на этом форуме будет создан Центральный воссоединительный комитет, который издаст обращение ко всем греко-католикам Чехословакии. В ночь с 27 на 28 апреля, накануне открытия конференции в Прешове, состоялось совещание руководителей Чехословацкого государственного управления по церковным делам с представителями центральных и местных органов власти и представителями местных отделений КПЧ, на котором было принято решение провести 28 апреля не конференцию, а Собор Словацкой греко-католической церкви, который объявит об упразднении Ужгородской унии 1646–1649 гг. и о воссоединении униатов с православной церковью. После окончания совещания Елевферий был в срочном порядке вызван из Праги в Прешов. 28 апреля в Прешове действительно состоялся Собор, объявивший об отмене Ужгородской унии. После окончания его работы участники передали Елевферию меморандум, в котором высказывалась просьба сообщить о результатах Собора Московскому патриарху Алексию и Правительству Чехословакии. В тот же день кафедральный собор Словацкой греко-католической церкви в Прешове был передан православной церкви. 30 апреля Елевферий направил телеграмму патриарху Алексию, в которой сообщил о решениях Прешовского Собора. В ответной телеграмме патриарх приветствовал состоявшееся воссоединение. О решениях Собора Елевферий также сообщил в Чехословацкое государственное управление по церковным делам, которое 26 мая ответило, что «считает постановление Собора от 28 апреля о ликвидации унии и возвращении бывших униатов в Православие полностью законным решением… в силу которого Православная Церковь приняла все права, имущество и учреждения бывшей Греко-Католической Церкви».