В конце 1933 г. возвратился из ссылки и поселился в Ивановской области. Последовательно служил с 1934 г. священником в церкви села Филипповского (ныне Киржачского района Владимирской области), с 1936 г. – в храме села Волохова (ныне Александровского района Владимирской области), с 1937 г. – в Никольской церкви в Киржаче. С 1938 г. – настоятель Благовещенского, затем Преображенского храма Иванова. В том же году овдовел. В 1938–1940 гг. в связи с отделением от Московского патриархата Ивановского епископа Алексия (Сергеева) пребывал вне РПЦ. После принесения епископом Алексием покаяния был принят в церковное общение Местоблюстителем Московского Патриаршего престола митрополитом Сергием (Страгородским, с сентября 1943 г. – Патриарх Московский и всея Руси). К тому времени находился за штатом из-за закрытия храма. Поступил на гражданскую службу. Работал инструктором хинизации на Ивановской малярийной станции. С началом Великой Отечественной войны вернулся к пастырскому служению, одновременно работал лаборантом в инфекционном отделении местной больницы. В июле 1943 г. был вызван митрополитом Сергием в Москву, где получил предложение об архипастырском служении. 9 августа 1943 г. Можайским епископом Димитрием (Градусовым) был пострижен в монашество с именем Елевферий. 10 августа хиротонисан во епископа Ростовского. Хиротонию в московском Богоявленском соборе в Елохове возглавлял митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий (Симанский, с 1945 г. – Патриарх Московский и всея Руси Алексий I). Вскоре Елевферий участвовал в архиерейском Соборе Русской православной церкви 8 сентября 1943 г., избравшем митрополита Сергия патриархом. 6 октября 1943 г. Елевферий прибыл в Ростов-на-Дону и вступил в управление епархией. 31 декабря постановлением Священного Синода ему было указано именоваться «Ростовским и Таганрогским». Елевферию также было поручено «разрешать дела по Сталинской области» (ныне Донецкая область Украины). В Ростовской епархии за время немецкой оккупации было открыто 243 церкви (в начале войны действовал только один храм). С весны 1944 г. началась постепенная государственная регистрация фактически действовавших приходов. Всего к концу войны было зарегистрировано более 50 приходских общин. В июне 1944 г. ростовский кафедральный собор в честь Рождества Пресвятой Богородицы официально был передан верующим. Здания храмов, как правило, находились в разрушенном состоянии. Так, в Рождественском соборе были повреждены кровля, живопись стен, утрачены иконостасы, разрушена колокольня, на хорах не было пола и перил. Восстановление церковных зданий осуществлялось силами верующих. Елевферий был участником поместного Собора РПЦ 1945 г., избравшего патриархом Алексия I (Симанского).