В 1282 г. синод под руководством патриарха Раймунда из Ла-Торре постановил торжественно праздновать день памяти Ермагора и Фортуната во всей Патриаршей области. Синод в Градо вынес аналогичное решение в 1296 г. Аквилейский патриарх Бертранд из Сен-Женьеса (1334–1350 гг.) велел изготовить монументальную мраморную гробницу для мощей мучеников, которые предполагалось перенести в Удине. Саркофаг был украшен рельефами с изображением сцен из Мученичества Ермагора и Фортуната. Однако перенесение мощей не состоялось, впоследствии саркофаг был использован для погребения Бертранда. В XV в. Аквилейский патриархат подпал под политическое влияние Венеции. Это привело к соперничеству между Венецией и империей Габсбургов за контроль над патриаршим престолом, которое окончилось упразднением патриархата (1751 г.). На его землях возникло два архиепископства – Удине (на венецианской территории) и Гориция (на территории Габсбургов). Аквилейская ризница была разделена между новыми архиепископствами. В настоящее время в соборе города Гориция хранится патриарший посох, так называемый посох св. Петра, по преданию вручённый апостолом Ермагору при рукоположении, а также серебряные бюсты-реликварии Ермагора и Фортуната. В соборе Удине находятся реликварии с мощами мучеников и ряд изображений Ермагора и Фортуната, в том числе заалтарный образ кисти Джованни Баттиста Тьеполо (1737 г.). В ризнице базилики св. Евфимии в Градо хранится реликварий с изображением Ермагора, Фортуната и четырёх мучениц (1338 г.), а также серебряный заалтарный образ венецианской работы. На нём образ апостола Марка, который совершает литургию, по бокам – Ермагор, Фортунат и четыре мученицы. В крипте базилики в Аквилее находится ряд реликвариев, в том числе с мощами Ермагора и Фортуната, часть которых была возвращена из Гориции. В настоящее время мученики почитаются как покровители области Фриули-Венеция-Джулия (с 2001 г.), города Градо, архиепископств Гориция и Удине, а также как сопокровители архиепископства Любляна (Словения). В честь Ермагора назван населённый пункт Хермагор в Каринтии (Австрия). Ермагор изображается в епископских одеяниях, обычно с посохом и Евангелием от Марка, Фортунат – в облачении диакона. Лики Ермагора и Фортуната изображены на Пала д'Оро – заалтарном образе собора св. Марка в Венеции (X–XIV вв.), а фигура Ермагора находится среди мозаик центральной апсиды того же храма (начало XII в.). Мученики представлены также во фресковой деисусной композиции в конхе апсиды базилики св. Евфимии в Градо (начало XV в.).