Патриарх Максенций (810–837 гг.) перестроил храм и воздвиг в нём крипту для хранения мощей Ермагора и Фортуната. Продолжающееся разделение патриархата на две части с кафедрами в Чивидале и в Градо привело к спорам о местонахождении мощей Ермагора и Фортуната. По преданию, изложенному в «Хронике патриархов Градо», а также агиографом Пьетро Кало из Кьоджи (ум. в 1348 г.), мощи были чудесным образом обретены в захваченной раскольниками Аквилее патриархом Примогением (630–648 гг.), который привёз их в Градо и поместил в базилике св. Евфимии. В 1000 г. венецианский дож Пьетро II Орсеоло (991–1009 гг.) получил мощи от патриарха Градо и поместил в крипте церкви св. Марка в Венеции. Сторонники патриархата в Чивидале, контролировавшего Аквилею, настаивали на том, что мощи мучеников остались на месте. Патриарх Поппон из Треффена (1019–1045 гг.) дважды разорил Градо и вывез оттуда все реликвии. Он вернул патриаршую резиденцию в Аквилею и в 1021–1031 гг. построил там новый соборный храм, освящённый во имя Пресвятой Богородицы, Ермагора и Фортуната. В конхе апсиды базилики сохранилась фреска, выполненная по указанию Поппона. На ней изображены Пресвятая Богородица с Младенцем и предстоящие аквилейские святые во главе с Ермагором и Фортунатом. В «крипте фресок» под алтарём базилики, где находились мощи мучеников, сохранились росписи, выполненные по распоряжению патриарха Удальриха II из Треффена (1161–1181 гг.). На стенах крипты представлены сцены Страстей Господних, на сводах – цикл легенды о Ермагоре и Фортунате (начинается сценой «Апостол Пётр посылает апостола Марка в Аквилею», заканчивается «Погребением святых Ермагоры и Фортуната»). На своде центрального нефа крипты изображён Ермагор в позе оранта, по бокам – Фортунат и мученик Хрисогон. В распространении почитания Ермагора и Фортуната значительную роль сыграли возраставшее могущество Аквилейских патриархов и неоднократные перемещения патриаршей резиденции. В 1077 г. германский император Генрих IV даровал патриарху Сигеарду герцогство Фриули, после чего началось формирование Патриаршей области. В XIII в. владения патриаршего престола включали город Триест, области Каринтия, Штирия и часть Истрии. Значительными земельными владениями располагал также патриарх Градо, чья резиденция находилась в Венеции (с 1105 г.). В 1238 г. Аквилейский патриарший престол был перенесён в город Удине, где началось строительство нового кафедрального собора Пресвятой Богородицы (1236–1335 гг.).