В каролингскую эпоху (конец VIII – IX вв.), по мнению исследователей, при патриархе Павлине II (776–804 гг.), было составлено Мученичество Ермагора и Фортуната, сохранившееся в четырёх редакциях. В этом произведении рассказывается о том, что апостол Пётр, находясь в Риме, послал апостола Марка для проповеди христианства в Аквилею. Прибыв в город, апостол Марк крестил многих жителей, но вскоре пожелал вернуться в Рим. По его просьбе христиане избрали епископом Ермагора, которого Марк взял с собой в Рим. Там апостол Пётр рукоположил Ермагора и вручил ему епископский посох. Согласно Мученичеству, Ермагор стал первым епископом, рукоположённым в Италии (factus est proton episcopus provinciae Italiae). В Аквилее, «первейшем из италийских городов», он рукоположил пресвитеров и диаконов для других христианских общин. Из разных частей Италии к Ермагору стекался народ, чтобы послушать его наставления или получить исцеление от болезней. В это время префект Рима Агриппа (вымышленное лицо), племянник императора Нерона (54–68 гг.), послал в Аквилею презида Севаста. По жалобе языческих жрецов Севаст велел схватить Ермагора и привести к нему на допрос. Вопреки настояниям презида епископ отказался принести жертву языческим богам и вступил с ним в спор. Разгневанный Севаст приказал пытать Ермагора, чем вызвал негодование народа. Тогда презид заключил мученика в темницу. Находясь в заключении, Ермагор обратил ко Христу тюремного стража Понтиана и совершил ряд чудес. По просьбе аквилейского клира мученик назначил своим преемником архидиакона Фортуната. После этого Севаст по настоянию жрецов велел обезглавить Ермагора и Фортуната в темнице. Понтиан спрятал тела мучеников и впоследствии отдал христианам, которые похоронили их на пригородном кладбище. В эпоху составления Мученичества Ермагор и Фортунат стали почитаться как св. покровители Аквилейского патриархата. Сведения о том, что Ермагор был учеником апостола Марка и первым епископом Аквилеи, содержатся в Малом Римском Мартирологе (середина IX в.) и во франкском Мартирологе Узуарда (вторая половина IX в.). При святителе Павлине II патриаршая резиденция была перенесена в город Чивидале (ныне Чивидале-дель-Фриули). В грамоте императора Карла Великого Аквилейскому патриархату (792 г.) содержится упоминание о том, что кафедральный собор в Чивидале был освящён во имя апостола Петра и Ермагора. Однако патриархи продолжали поддерживать соборную базилику в Аквилее.