Евсевий столкнулся с определённой оппозицией части духовенства и мирян Забайкальской епархии. Так, периодически возникали трения, порой переходившие в конфликт, между епископом и епархиальным советом. Следствием этого стало распоряжение Евсевия о прекращении богослужения в читинском Михаило-Архангельском («декабристском») храме. Исследователи полагают, что причиной этих нестроений было требование соблюдать канонические нормы в отношениях епархиального совета с правящим архиереем в связи с допускаемыми советом нарушениями. 27 ноября 1927 г. Евсевий благословил благочинным размножить текст «Декларации» митрополита Сергия и разослать её по всем церквам их округов. Недовольства среди духовенства в связи с этим практически не было. Был лишь один случай, когда читинский священнослужитель отказался поминать за богослужением митрополита Сергия, высказавшись в поддержку позиции митрополита Иосифа (Петровых). Во многом это объясняется тем, что Евсевий, проводя в жизнь политику лояльности по отношению к советской власти, был терпим к иным точкам зрения в среде клира и рассматривал заявленный «Декларацией» курс как неизбежный компромисс. Ярким подтверждением этого является тот факт, что самым близким в Чите к Евсевию человеком был протоиерей Николай Любомудров (расстрелян 26 ноября 1930 г.), известный консервативно-монархическими взглядами и откровенными и смелыми проповедями. Не отмечалось в Забайкалье до 1928 г. и какой-либо деятельности сторонников григорианского раскола. Однако в 1929 г. им был передан читинский Казанский собор. Кафедральным храмом после этого стал Михаило-Архангельский храм – последний в Чите, оставшийся у православных. Евсевий через циркулярное письмо затребовал от всех священников епархии письменное подтверждение их подчинения митрополиту Сергию. Власти потребовали отменить это распоряжение, однако Евсевий не стал этого делать. Его важной заботой как правящего архиерея было упорядочение жизни монашествующих. После 1922 г., согласно данным официальной статистики, монастырей в Забайкалье не было, хотя в действительности некоторые монашеские общины продолжали полулегально существовать. В конце 1920 гг. они начали разоряться властями. Евсевий сделал соответствующие распоряжения, в частности, насельницам закрытого читинского Покровского женского монастыря было предписано носить подобающую их сану одежду, молиться в кафедральном соборе в особо отведённом месте (причём «способным» было указано исполнять обязанности певчих и чтецов), а также выполнять иные послушания. Когда при кафедральном Казанском соборе было создано сестричество, некоторые монахини и послушницы принимали также участие в его деятельности. Впрочем, сестричество просуществовало крайне недолго, оно закрылось по распоряжению Евсевия в связи с тем, что советские власти посчитали его деятельность незаконной.