Монахини Мария (Нагавкина) и Александра (Бобровская) были осуждены на пять лет, монахине Елисавете (Бабёнышевой) пятилетний срок в лагере заменили высылкой на пять лет. Впоследствии, в 1937–1938 гг., по ст. 58–10 УК РСФСР были осуждены ещё 25 монахинь на срок от восьми до десяти лет, а монахиня Матрона (Сидорова) 22 декабря 1937 г. приговорена к расстрелу. 29 мая 1929 г. Знаменская церковь была закрыта, в ней разместился клуб. Верующие тайно вынесли и сохранили почитаемые Казанскую икону Божьей Матери (к 2008 г. – в Казанском храме Ельца) и образ Спасителя в терновом венце (к 2008 г. – в Вознесенском соборе Ельца). 21 июня 1929 г. «комиссия по ликвидации церкви бывшего женского монастыря» приняла по акту церковное имущество. Часть святынь поступила в музей, богослужебная утварь по просьбе верующих – в другие храмы. Решением комиссии часовня на могиле затворницы Мелании «как не представляющая музейного значения и мешавшая движению в городке» была снесена. В конце 1930 гг. начался процесс разрушения Знаменского храма. Впоследствии были уничтожены трапезный корпус, часть келий и часовня на св. источнике под Каменной горой. Сохранились колокольня, кельи, в которых проживали ельчане, лестница у южных ворот к св. колодцу и мощные стены. Остатки монастырского комплекса решением Липецкого облисполкома от 2 ноября 1971 г. и постановлением Совета министров РСФСР от 1974 г. стали охраняться государством как памятник истории и культуры. В 1997 г. в ответ на ходатайство Воронежского митрополита Мефодия (Немцова) Липецкий областной совет передал комплекс монастырских строений Воронежской и Липецкой епархии. Силами общины Вознесенского собора и его настоятеля протоиерея Василия Романова были расчищены фундамент Знаменского собора, у алтаря которого установлен поклонный крест с лампадой, сохранившиеся надгробия с монастырского кладбища, благоустроена могила затворницы Мелании. В 1998 г. монастырю был возвращён участок земли под Каменной горой для восстановления надкладезной часовни и устройства купальни, в 2001 г. – три дома, в одном из которых устроили временную церковь. В пасхальные дни 2004 г. начались регулярные богослужения. В июне того же года над св. колодцем под стенами Елецкого монастыря начато восстановление часовни в честь иконы Божьей Матери «Живоносный Источник». По благословению епископа Липецкого и Елецкого Никона (Васина) на территории обители проживало около 20 монахинь под руководством духовника архимонаха Севастиана (Щербакова). Решением Синода от 6–7 октября 2004 г. Елецкий монастырь был возобновлён, первой настоятельницей стала монахиня Херувима (Гончарова). После её пострижения в схиму обязанности настоятельницы исполняла монахиня Гавриила (Горяшко). В январе 2005 г. обители передан расположенный на противоположной стороне реки Ельчик Христорождественский храм, в котором стали совершаться богослужения. На месте Никольского храма возведён и освящён 31 декабря 2006 г. епископом Никоном новый храм с тем же посвящением. По архивным чертежам с 2005 г. восстанавливаются Знаменский собор, ограда, отреставрирована колокольня, построены новые кирпичные трапезный, хозяйственные и келейные корпуса, выкуплены и приведены в порядок несколько бывших келий.