После городского пожара 12 апреля 1769 г. в бывшей обители продолжали проживать игуменья Пелагия, три монахини и схимонахиня. Сёстрам удалось спасти от пожара часть утвари и обрести несгоревшими иконы Спасителя, Божьей Матери «Троеручица» и чудотворный образ «Знамение». Инокини жили в уцелевшем от пожара каменном погребе. По преданию, однажды ночью молящимся на месте сгоревшего храма сёстрам Ксении и Агафии явился мученик Иоанн Воин. Святой «простёр руку на то место, где была сгоревшая обитель, осенил её благословением и сказал: “Буди имя Господне благословенно на месте сем отныне и до века”». Повторным указом епископа Воронежского и Елецкого Тихона II (Якубовского) сёстры сгоревшей обители были переведены в воронежский Покровский монастырь, однако монахини Ксения и Агафия, 60 и 80 лет, отказались покидать Каменную гору. Монахиня Агафия вскоре скончалась, а с монахиней Ксенией по благословению Тихона с 1772 г. стали подвизаться елецкая уроженка девица Матрона Солнцева (ум. в 1831 г.), проживавшая до этого в воронежском Покровском монастыре, и послушница Екатерина Филипповна Уварова. Число сестёр, поселившихся на месте прежнего Елецкого монастыря, постепенно росло, и Тихон благословил Матрону быть «начальницей Знаменской общины». Он продолжал регулярно навещать отшельниц, ходатайствовал перед городскими властями о покровительстве насельницам, «располагал к ним боголюбивых жителей Ельца, которые содействовали благоустройству и воссозданию обители». В 1779 г. святитель в последний раз побывал на Каменной горе, благословил каждую инокиню и указал место строительства соборного храма. С 1775 по 1795 гг. число сестёр, проживавших на месте сгоревшей обители, возросло с 5 до 41. Инокини занимались шитьём, вышиванием золотом, серебром и жемчугом, изготовлением восковых свечей, вязанием, плетением. К 1805 г. в сорока кельях проживало около 60 сестёр. В 1815 г. Матрона Солнцева по настоянию епископа Орловского и Севского Досифея (Ильина) была пострижена в рясофор с именем Маргарита. При возобновлении Елецкого монастыря по штату полагалось проживание в монастыре игуменьи, казначеи и 15 монахинь, служение двух священников и двух причётников. Фактически же в 1823 г., после официального открытия, в монастыре находилось 117 насельниц в 46 кельях. С 26 марта 1823 г. настоятельницей стала бывшая игуменья орловского в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы монастыря Глафира (Таранова; ум. в 1839 г.), главной помощницей – престарелая начальница Знаменской общины инокиня Маргарита (Солнцева), в том же году постриженная в мантию с именем Олимпиада. С 1837 г. Елецкий монастырь возглавляла бывшая монахиня севского во имя Святой Троицы монастыря Павлина (Толстая; ум. в 1870 г.), при которой число сестёр возросло до 200. С февраля 1867 г. Елецкий монастырь возглавляла игуменья Клеопатра (Головачёва; ум. в 1890 г.), благочинным впервые стал настоятель елецкого Троицкого монастыря архимандрит Флорентий. В 1879 г. игуменья Клеопатра была награждена золотым крестом. Когда она потеряла зрение, епископ Орловский и Севский Мисаил (Крылов) назначил ей в помощь совет из четырёх старших монахинь для управления обителью.