В ризнице монастыря Екатерины хранилось два боевых знамени Отечественной войны 1812 г. и Бородинского сражения с вышитыми вензелями императора Александра I на одной стороне и двуглавыми чёрными орлами на другой. Реликвии принёс в дар монастырю Екатерины владелец села Суханова фельдмаршал князь Пётр Михайлович Волконский. В числе святынь, привезённых в монастырь Екатерины в 1918 г. из Красностокского монастыря Гродненской губернии, был один из списков XVIII в. чудотворной Красностокской иконы Божьей Матери. В январе 1918 г. в монастыре Екатерины были поселены прибывшие из-под Гродно 164 насельницы Красностокского женского монастыря во главе с игуменьей Еленой (Коноваловой). Остававшиеся в мужской обители монахи по указу Синода были переведены в Высоцкий серпуховской монастырь и другие обители Московской губернии. В 1918 г. монастырь Екатерины был закрыт и обращён в женскую трудовую коммуну. Екатерининский храм стал приходским, настоятелем служил клирик Красностокского монастыря протоиерей Ярослав Савицкий, дьяконом – Иаков Ференец, проживавшие за оградой монастыря. Когда в 1928 г. Ярослав Савицкий был изгнан властями из Екатерининской пустыни и перешёл служить во Флоро-Лаврскую церковь села Ям, настоятелем Екатерининского храма стал игумен Пантелеимон (Кунахович). Летом 1931 г. трудовая артель была закрыта, сёстры поселились у окрестных жителей, в Москве, в Пестовском переулке, где до 1917 г. размещалось подворье пустыни. 60 монахинь смогли получить разрешение и по документам беженок выехали в Белоруссию, где поселились в гродненском в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастыре. Настоятельница монастыря игуменья Елена (Коновалова) и несколько сестёр были арестованы и сосланы в Казахстан сроком на три года или пять лет. В 1934 г. игуменья Елена, вернувшись из ссылки, поселилась в городе Малоярославец Калужской области, где и скончалась 5 сентября 1937 г. Отпевавший её протоиерей Зосима Трубачёв был арестован и расстрелян на Бутовском полигоне. В сонме мучеников канонизирован также насельник монастыря Екатерины игумен Иоасаф (Крымзин). После 1931 г. некоторое время надвратная церковь действовала как приходская. В ней служил игумен Пантелеимон, прислуживала престарелая красностокская монахиня Вера. Кельи старца и его келейницы помещались в здании надвратной церкви – по обе стороны въездной арки. Кроме монахини Веры в монастыре Екатерины проживали по благословению игуменьи Елены ещё несколько монахинь, занятых хозяйством. В начале 1930 гг. в постройках монастыря Екатерины разместили тюрьму, где содержались уголовники, имевшие небольшие сроки заключения – до двух лет. В Петропавловской церкви был открыт клуб, в котором вечерами проходили концерты художественной самодеятельности, а днём – народные суды с привлечением общественности.