Мощи были обретены по благословению Московского и всея Руси патриарха Адриана 18 сентября 1698 г. Суздальским и Юрьевским митрополитом Иларионом в присутствии Тамбовского епископа Леонтия и настоятелей Спасо-Евфимиева монастыря архимандрита Варлаама, Васильевского монастыря архимандрита Кириака, Николаевской Пищуговой пустыни игумена Гавриила, протоиерея суздальского собора Евфимия и др. Евфросиния Суздальская была «руками священническими положена всечестне» в соборе Ризоположенского монастыря в новую деревянную гробницу, в которой мощи почивали, по крайней мере, до 1791 г. Впоследствии, после переложения мощей, дата которого исследователям неизвестна, эта гробница до начала XX в. хранилась в южной части притвора Ризоположенского собора. Во время пожара в монастыре 13 августа 1769 г. мощи Евфросинии Суздальской были на время перенесены в приходскую церковь во имя праведного Лазаря. Согласно «офицерской» описи монастыря 1761 г., над гробом Евфросинии Суздальской была «сень с кароною, резная, золочёная и с херувимы». Из описи 1771 г. следует, что крышкой гробницы служила икона: «На раке мощей преподобныя благоверныя княжны Евфросинии образ ея, на нём венец: средники, поля серебреные и вызолочены». Опись 1761 г. отмечает, что в Ризоположенском монастыре хранилось 13 надгробных покровов Евфросинии Суздальской. В описях 1815 и 1845 гг. сообщается о новой раке: «По левую сторону иконостаса мощи преподобной благоверной княжны Евфросинии, почивающие в раке, которая с передних трёх сторон обложена серебром, чеканным, белым, а с четвёртой, к стене, – медью. Внутре оной обита от стены одна сторона серебром, а три стороны медью посеребрёною». Во второй половине XIX в. была изготовлена новая рака, в описании конца XIX – начала XX вв. о ней сказано: «С трёх сторон – не пробного серебра, а с четвёртой – 84-й пробы, чеканная, с двух сторон изображён герб города Чернигова, по сторонам герба в клеймах тексты из жизни преподобной, крышка на раке мощей серебряная, 84-й пробы, весу 28 фунтов 36 зол(отников)». Крышка гробницы была устроена в 1867 г. суздальским мастером Окининым. Постамент и вызолоченный балдахин над аркой были изготовлены в 1886 г. 11 февраля 1919 г. (раньше издания Наркоматом юстиции распоряжения о вскрытии мощей, состоявшегося 16 февраля) по постановлению президиума Суздальского исполкома комиссия в присутствии представителей от духовенства и монашествующих Ризоположенского монастыря произвела осмотр раки с мощами Евфросинии Суздальской. Останки, лежавшие на серебряной доске, были завёрнуты «в чёрную мантию и схиму, обвязаны чёрной шёлковой лентой, концы которой опечатаны сургучной печатью». После осмотра рака была заперта на ключ, оставлена в обители. 21 апреля 1922 г. в ходе изъятия церковных ценностей она была конфискована и поступила в суздальский уездный финотдел. Мощи святой попали в Суздальский музей, до начала 1940 гг. были выставлены в экспозиции антирелигиозного отдела, позднее хранились в фондах. 16 ноября 1988 г. они были переданы в единственную действовавшую тогда в Суздале православную церковь – во имя равноапостольных Константина и Елены, в настоящее время храм находится в юрисдикции раскольнической «Российской православной автономной церкви».