В «Кратких записках по основному богословию» (М., 1895 г.), созданных для помощи студентам в подготовке к экзаменам, утверждал, что «скептическое отношение к коренным пунктам христианской религии, маловерие, неверие – причина временная, имеющая отношение к незначительному, сравнительно, числу людей и, нужно полагать, у нас на Руси не серьёзная». В рецензии на эту работу профессор Алексей Иванович Введенский отмечал неполноту её состава, но выделял характер изложения, который порой «положительно возвышается до лирики псалмов». Н.А. Елеонский выступал перед студентами и как проповедник, назвал сборник своих проповедей «Советы учащемуся юношеству». Участвовал в организации отделения Педагогического общества при Московском университете, которое было открыто 2 октября 1898 г. Был его председателем с момента открытия, занимался вопросами религиозно-нравственного воспитания учащихся высших, средних и низших школ, составлял годовые отчёты. Рассматривая вопрос о среднем образовании для крестьян, предлагал усилить преподавание российской церковной истории. При обществе был открыт Педагогический музей, в котором Н.А. Елеонский, в частности, собирал пособия по преподаванию Закона Божия, в том числе географические карты и иллюстрации, в помощь законоучителям. Н.А. Елеонский был другом профессора Московского университета Ивана Владимировича Цветаева, в 1892 г. крестил его дочь Марию Ивановну Цветаеву, именно ему она в 1899 г. впервые исповедовалась. В автобиографическом рассказе «Чёрт» (1935 г.) М.И. Цветаева вспоминала, что исповедь принимал «в московской университетской церкви» «знакомый священник отца, “профессор академии”», перечисляла его вопросы и свои ответы. В 1908 г. Н.А. Елеонский освятил отреставрированный иконостас церкви мученицы Татианы. Он был членом Общества любителей духовного просвещения (1870 г.), почётным членом Московской духовной академии (1903 г.). Награждён рядом орденов, в том числе св. Анны первой степени. В последние годы часто болел, был вынужден на время приостановить преподавательскую деятельность. В первые два дня после кончины на его квартире при многочисленных посетителях постоянно служились панихиды. 27 октября 1910 г. профессора Московского университета перенесли гроб в церковь мученицы Татианы, где состоялась заупокойная всенощная, а 28 октября – литургия и отпевание в присутствии Московского митрополита Владимира (Богоявленского), Дмитровского епископа Трифона (Туркестанова), Серпуховского епископа Анастасия (Грибановского), многих священников, преподавателей и студентов университета. Н.А. Елеонский был похоронен на кладбище московского в честь иконы Божьей Матери «Всех скорбящих Радость» монастыря. Монастырь был закрыт и разрушен в 1920 гг., кладбище также разорено.