В соборе находилась и икона Спасителя, мироточившая в 1243 г., на приделанных к ней досках были изображены предстоящие Христу Евпраксия и княгиня Мария Димитриевна (ум. в 1316/1317 г.), супруга князя Довмонта. На другой иконе, также находившейся в соборе, Евпраксия была изображена предстоящей Иоанну Предтече и апостолу Андрею Первозванному. Пересказ летописного сообщения о мироточении был на медном подсвечнике и на камне, вделанном в стену придела (снесён при реставрации собора). В XIX в. после молебна и панихиды Евпраксии исцелился крестьянин пригородной деревни Шабаны. Память святой местно чтилась 16 октября. Императрица Мария Александровна в 1859 г. пожертвовала к гробнице Евпраксии ковёр. Иоанновский монастырь был закрыт в 1920 гг., храм возобновлён в 1993 г. как приходский. Гробницы в советские годы были уничтожены, погребения разграблены. Ныне на восстановленной гробнице Евпраксии находится парчовая вышитая икона современной работы с изображением святой и вышитым текстом тропаря, кондака и молитвы. Канонизация Евпраксии подтверждена включением её имени в Собор Псковских святых, празднование которому установлено в 1987 г. по инициативе Псковского и Порховского митрополита Иоанна (Разумова), и в Собор Белорусских святых, установленный в 1984 г. по инициативе митрополита Минского и Белорусского Филарета (Вахромеева). Несмотря на существование данных о почитании Евпраксии в Пскове сразу после её кончины в 1243 г., изображения княгини-инокини и даже упоминания о них отсутствуют до XVIII в. Иконописные подлинники, древние и новые, о ней умалчивают. В настоящее время все сведения об образах Евпраксии связаны, в основном, с местом её иноческого подвига и погребения – собором Рождества Иоанна Предтечи в Пскове, что нашло отражение в опубликованных описаниях Иоанновского монастыря конца XIX – начала XX вв., которые носят поверхностный характер и не дают исследователям представления об облике святой. К этому времени в соборе над гробницей Евпраксии ещё находилась древняя чудотворная святыня монастыря – образ Иисуса Христа на престоле в окружении святых (вариант «Седмицы»), прославленный мироточением. На двух приделанных к иконе Спасителя досках были представлены Евпраксия и княгиня Мария, супруга князя Довмонта Псковского, в молении в рост, а в нижнем регистре – св. Нифонт, мученицы Анисия и Иулиания. Под иконой была надпись о «починке» образа в 1723 г. Тогда же по указу вдовствующей царицы Прасковьи Фёдоровны и по благословению архиепископа Псковского Феофана (Прокоповича) был устроен новый иконостас.