В агиографической литературе о Евпраксии писали как о пострадавшей от «немецкого папизма», мстившего за неудачи в Северо-Западной Руси в 1240–1242 гг.: архиепископ Филарет (Гумилёвский), архиепископ Димитрий (Самбикин). По мнению исследователей, к митрополиту Евгению (Болховитинову) восходит произвольно реконструированная картина событий, которые привели к гибели княгини: Евпраксия, будучи схимонахиней, была приглашена Ярославом в Оденпе и там умерщвлена его сыном от жены-немки. По предположению Веры Ивановны Матузовой и Евгении Львовны Назаровой, упомянутая в летописи гробница, у которой совершилось истечение св. мира, принадлежала второй жене Ярослава Владимировича, происходившей «скорее всего, из знатного боярского рода», а первой женой князя «была немка из Ливонии». Ярослав Владимирович с конца 1220 гг. пытался, опираясь на враждебную Новгороду партию псковских бояр и военную помощь ливонских рыцарей, утвердиться в Пскове, где прежде княжил его отец Владимир Мстиславич, умерший в 1227 г. В 1233 г. князь Ярослав вместе с «немци» напал на Изборск. Как полагают исследователи, где-то раньше этой даты был заключён первый брак, сын от которого жил в Ливонии. Во время нападения князь попал в плен и оказался в тюрьме в Переяславле. По мнению исследователей, его освобождение из плена было связано с заключением второго брака. Сын Ярослава от первого брака (как полагают исследователи, известный по ливонской «Рифмованной хронике» Герпольт-Ярополк) мог убить свою мачеху потому, что она ожидала ребёнка, и «княжич (не без влияния ливонских родственников) решил таким образом избавиться от возможного наследника на псковский стол». Убийство, скорее всего, произошло во время осады Пскова в 1240 г., когда «обретение Ярославом Владимировичем псковского княжения (а, следовательно, и передача его по наследству) казалось делом решённым». В походе с князем Ярославом участвовали «медвежане», так что княгиня вполне могла находиться в Медвежьей Голове, а её останки могли быть перенесены в монастырь во время, когда «немцы» владели Псковом. Известие об убийстве жены «могло явиться столь сильным потрясением для князя Ярослава Владимировича, что повлияло на его намерение княжить в Пскове, опираясь на союз с Ливонией», – в 1245 г. князь Ярослав Владимирович стал уже соратником Новгородского князя Александра Ярославича Невского в борьбе с Великим княжеством Литовским (по мнению исследователей, был служилым князем, получившим Торжок). Летописная запись о чуде у гробницы Евпраксии позволяет исследователям гипотетически отнести начало почитания св. княгини в Новгородской епархии к 1243 г. (по мнению исследователей, характерно, что о чуде сообщают не псковские, а новгородские летописи, в XIII в. составлявшиеся при архиепископской кафедре; показательно также, что чудо приурочено летописью ко дню памяти мученика Александра Воина, небесного покровителя князя Александра Невского). «Святая и благоверная княгиня Евпраксия Псковская» названа в «Описании о российских святых» в списке 1734 г., в более ранних списках её имени нет. Мощи Евпраксии почивали в монастырском соборе в честь Рождества Иоанна Предтечи под спудом (как и останки других псковских княгинь). В XIX в. при гробнице Евпраксии хранился настоятельский посох из чёрного дерева, по преданию принадлежавший святой.