Юная королева оказалась в непростом положении. Став в 19 лет соправительницей громадной Священной Римской империи, она не имела возможности не только решать что-либо самостоятельно, но и узнать о родных, о сёстрах, оставшихся в Киеве. Да и новый муж, как выяснилось, имел «необузданный характер»: с ним не ужились ни мать Агнесса, ушедшая от сына, едва он стал совершеннолетним, в монастырь, ни выросшие сыновья от первого брака. Хронисты сообщают, что Генрих IV принадлежал к секте сатанистов-николаитов, тайные мессы которой сопровождались развратными действиями. О безнравственности германского императора многим было известно задолго до его брака с Евпраксией. Жестокие издевательства Генриха IV над первой женой и сестрой («которую он своими руками держал в то время, когда другой её насиловал») дважды обсуждались на княжеских съездах 1073 г. (в Корбее и в Герстунгене). Немецкие хронисты Бруно и Ламберт оставили описания кровосмесительных отношений Генриха IV с его сестрой Адельгейдой (той самой, что воспитывала Евпраксию и не могла её укрыть от знакомства с братом, а возможно, изначально это задумала). Когда в 1089 г. стало ясно, что планам Генриха IV по вовлечению Киева в продолжавшуюся борьбу с папским престолом не суждено сбыться, император начал вымещать свою злобу на жене. Принудив её к участию в тайных оргиях николаитов, Генрих IV лично наблюдал за действиями насильников. Немецкий хронист отметил, что «испытав на себе этот культ нечестия, первое время она молчала по женской стыдливости, а когда величина преступлений победила женское терпение, она раскрыла это дело священникам и епископам» и стала искать их поддержки в официальном разрыве с мужем-императором. Возможность разглашения тайны привела Генриха IV в ярость. Он не ожидал от Евпраксии ни искренности, ни бесстрашия, поэтому для начала решил просто удалить жену, неясно, от кого беременную, подальше от двора. Она была направлена им в Италию, в личный замок императора в Вероне, где в конце 1090 г. родила сына. Тот прожил (по словам итальянского хрониста Даницо, современника Итальянского похода Генриха IV 1092 г.) всего два года. Весной того же 1092 г. старший сын Генриха IV Конрад стал искать встречи с мачехой, Евпраксией-Адельгейдой. После смерти маленького сводного брата делить ему с ней было нечего, а по возрасту они были близки. Немецкие историки полагают, что Генрих IV ревновал жену к своему сыну. Тексты хроник позволяют найти иную причину: однажды отец предложил Конраду «войти в покои» мачехи и, когда тот отказался, заявил, что Конрад – не его сын, а отпрыск «одного швабского князя, на которого тот похож». Подобное признание стало толчком к отказу Конрада в чём-либо поддерживать отца. Сообщив о своём разрыве с необузданным родителем, Конрад предложил мачехе помочь ей бежать в Каноссу к папе Урбану II и рассказать там ему обо всём. Во время переезда двора Генриха IV из Вероны в Лангобардию их план осуществился.