18 октября 1917 г. лютеране торжественно отпраздновали 400-летие Реформации. Положение лютеранской церкви изменилось сразу же после издания первых декретов советской власти «О свободе совести, церковных и религиозных обществах» от 20 января 1918 г. и «Об отделении церкви от государства и школы от церкви» от 23 января 1918 г. Принадлежащие церковным приходам земельные владения, здания церквей и церковных школ, дома священников, издательства и типографии стали собственностью государства. Благотворительные учреждения, в том числе и существовавшие при лютеранских приходах (школы для глухонемых, дома престарелых, сиротские дома), также перешли под эгиду государства. У религиозных организаций были конфискованы все банковские вклады. Приобретение товаров для церковных нужд, ремонт и использование церковных зданий были возможны только с согласия местной администрации. По новым законам лютеранская церковь вообще и Генеральная консистория в частности прекратили существование как юридические лица. В феврале 1918 г. руководство Генеральной консистории опубликовало призыв ко всем лютеранским приходам помочь консистории добровольными пожертвованиями. Повторное обращение последовало в ноябре того же года, но успеха не имело. В 1918 г. в Санкт-Петербургской консистории насчитывалось восемь служащих, через год остался на посту только Генеральный суперинтендант Санкт-Петербургского округа епископ Артур Мальгрем. В Московской консистории, которой руководил Генеральный суперинтендант П. Виллигероде, положение было не намного лучше. Происшедшие в стране революции и последовавшая гражданская война привели к значительным изменениям в территориальной организации церкви. В 1920 г. Советская Россия подписала мирные договоры с образовавшимися самостоятельными государствами Эстонией, Латвией и Литвой. Создание независимых государств в Прибалтике означало для лютеранской церкви России потерю треть консисторий и теологического факультета в Тарту. В 1918 г. к Румынии присоединили Бессарабию, на территории которой находилось первое Южнорусское пробство (135 общин). В 1919 г. здесь была образована самостоятельная евангелическо-лютеранская консистория с резиденцией в Тарутине (ныне Одесская область, Украина). Декларированные коммунистами идеалы свободы, равенства и братства совпадали с исконно протестантскими идеалами всеобщего братства и мечтами о построении Царствия Божия на земле, поэтому в ряде приходов советская пропаганда нашла своих активных сторонников среди верующих. В то же время хаос первых послереволюционных лет усилил хилиастическо-эсхатологические настроения среди верующих. Их реакцией на «апокалиптические знамения времени» стал выход общин из ортодоксальной лютеранской церкви. Важную роль в этом сыграло и существование в лютеранских поселениях многочисленных течений – вюстистов, танцбрудеров, штундистов и др. Так, в начале 1920 гг. общины танцбрудеров только в Поволжье насчитывали около 15 тыс. человек (последнее упоминание об официально зарегистрированной общине в 1933 г.). Появилось множество самозваных проповедников, обладавших огромной властью над лютеранскими общинами.