По административным вопросам Генеральная консистория подчинялась Министерству внутренних дел, а по судебным – Правительствующему Сенату. Консистории округов ежегодно представляли отчёты, на основании которых в Генеральной консистории составлялись статистические сведения по общинам, списки приходов, ведомости о состоянии имущества приходов, сведения о пасторах, о числе прихожан, о церковных зданиях, списки церковных советов и состав их членов, послужные списки пасторов и членов консисторий, перечни школ и благотворительных заведений. Окружные консистории и приходы обращались в Генеральную консисторию по вопросам, решение которых зависело от вышестоящих инстанций: об учреждении приходов, о постройке церквей, о приобретении имущества, об открытии школ, о награждении духовных лиц и т.д. Генеральная консистория составляла по всем вопросам заключение и передавала его через Департамент духовных дел на рассмотрение министру внутренних дел. Прежде чем принять окончательное решение, Министерство внутренних дел запрашивало мнение других ведомств. Заседания консистории проходили дважды в год и назывались «юридики». Высшим органом управления лютеранской церкви являлся Генеральный синод. Он был учреждён Уставом 1832 г., однако не созывался до 1924 г. В состав Генерального синода входили генеральные суперинтенданты консисториальных округов, пробсты, депутаты от провинциальных синодов и лица, назначенные царём или правительством. Первым президентом Генеральной консистории был попечитель Дерптского учебного округа граф Карл Андреевич Ливен, первым вице-президентом – статский советник Павел Павлович Помиан-Пезаровиус. Ежегодно на местах пасторы каждого консисториального округа собирались под председательством местного Генерального суперинтенданта на синоды. Согласно уставу, заседания местных синодов находились под контролем местной или Генеральной консистории и Министерства внутренних дел, куда направлялись протоколы синодов. С 1887 г. по предписанию министерства необходимо было сообщать губернаторам список вопросов, подлежащих обсуждению на заседаниях синодов. Одновременно с Уставом Евангелическо-лютеранской церкви 1832 г. Николай I подписал «Инструкцию для духовных лиц и органов Евангелическо-лютеранской церкви». На основании Прусской агенды 1815 и 1828 гг. и местных агенд при участии членов комитета и профессоров теологического факультета Дерптского университета в 1830 г. была составлена Литургическая агенда. Устав 1832 г. содержал общие законоположения о Евангелическо-лютеранской церкви в России. Источниками для составления устава послужили Общий шведский церковный устав, Литургическое установление 1805 г. и Прусский церковный устав 1828 г. Устав состоял из 512 статей и так называемого Наказа духовенству. В статье 1 провозглашались основы евангелическо-лютеранского вероучения. Строго запрещались прозелитизм и любые проявления неуважения к представителям других конфессий, признаваемых в Российской империи. Стать пастором мог мужчина не моложе 25 лет, который был крещён, конфирмован, успешно окончил богословский факультет университета и достаточно хорошо владел русским языком. Выпускник университета, желавший стать кандидатом в духовенство, должен был пройти в консистории два испытания: первое для получения права проповедовать (лат. pro venia concionadi), второе для получения прихода (pro ministerio).