С 1718 г. над лютеранами, переходившими в православие, совершалось только таинство миропомазания (вместо повторного крещения); в 1721 г. были разрешены смешанные браки при условии воспитания детей, родившихся в таких семьях, в православной вере. Пётр I пытался организовать единое церковное управление Евангелическо-лютеранской церкви, объявив в 1711 г. Бертольда Вагеция, пастора московской общины святых Петра и Павла, суперинтендантом всех лютеранских приходов России. После смерти Б. Вагеция в 1731 г. следующий суперинтендант назначен не был. В 1720 г. лютеранское вероисповедание перешло в ведение Коллегии иностранных дел, с 1721 г. – Святейшего Синода. В период правления императрицы Анны Иоанновны (1730–1740 гг.) многие лютеране занимали высокие должности при дворе. Так, например, членами Сената были вице-канцлер граф Андрей Иванович (Генрих Иоганн Фридрих) Остерман и генерал Павел Иванович Ягужинский, графы Эрнст Иоганн Бирон и Христофор Антонович (Бурхард Кристоф) Миних. Они ревностно содействовали распространению лютеранства в России и покровительствовали лютеранским церквам. 23 февраля 1734 г. для управления деятельностью инославных христианских исповеданий было образовано Консисториальное заседание Юстиц-коллегии Лифляндских, Эстляндских и Финляндских дел, ведавшей положением протестантских и Римско-католической церквей. В Манифесте 1735 г. Анна Иоанновна подтвердила свободу отправления богослужения для лютеран, реформатов и католиков. При ней была запрещена полемика православия с протестантизмом. В царствование Елизаветы Петровны (1741–1761 гг.) были изданы указы «О воспрещении лютеранским пасторам крестить по своим обрядам детей православных родителей, даже по просьбам последних» и «О запрещении всем разных вероисповеданий иностранцам, в России находящимся, превращать в свой закон русских подданных, какого бы народа и звания они ни были». Указом 1743 г. было учреждено Санкт-Петербургское консисториальное заседание. В 1758 г. лютеранам официально было разрешено устраивать при кирхах кладбища. Вскоре после восхождения на трон Екатерина II издала так называемый вызывной манифест от 4 декабря 1762 г. с предложением к иностранцам принимать российское подданство и заселять пустовавшие земли. Коллегия иностранных дел разослала манифест на русском, французском, немецком и английском языках дипломатическим агентам за границей, но ожидаемого результата он не имел. 22 июля 1763 г. был издан манифест «О даруемых иностранным переселенцам авантажах и привилегиях», в котором гарантировались помощь в обустройстве на новом месте и целый ряд дополнительных привилегий, таких как свободный выбор места для поселения, освобождение от податей и налогов (в необжитых землях на срок до 30, в обжитых – от 5 до 10 лет), от воинской службы и прочих повинностей. Будущим колонистам обещали свободное отправление веры и возможность иметь собственных священнослужителей; гарантировалась государственная помощь при строительстве церквей, но строго запрещалась миссионерская деятельность среди православных христиан. Манифест был обнародован одновременно с указом «Об учреждении Канцелярии опекунства иностранных переселенцев» в Санкт-Петербурге.