В 1991 г. в Кобурге был конституирован новый высший орган федерации церквей – Синод. В Локкумском заявлении 1990 г. было отмечено, что и Евангелическая Церковь Германии, и Союз евангелических церквей в ГДР сохранят свои особенности и свой церковный опыт. В 1990 гг., после создания единого немецкого государства, вновь возобладали секулярные тенденции. Налоговая реформа конца 1990 гг. понизила ставки церковного налога (определённая доля подоходного налога в пользу церкви). Из-за отсутствия средств приходы закрывали социальные учреждения, сдавали в аренду здания. Церковь была вынуждена искать спонсоров, развивать свой бизнес (отели, туристические бюро и др.), заниматься торговлей, предоставлять церковные помещения для светских мероприятий. По итогам опроса 1996 г. лишь 45% немцев были верующими, в бывшем ГДР – 20%. В 2003 г. 180 тыс. человек вышли из общин Евангелической Церкви Германии, в 2004 г. – более 140 тыс. человек. Одновременно с этим существовала и противоположная тенденция: количество вновь вступивших в евангелические общины в 2000 г. было больше, чем в середине 1990 гг. Этому способствовало и создание специальных административно-церковных пунктов по приёму в церковные общины непосредственно в центрах городов и быстрое оформление необходимых документов. В целом по стране отмечался низкий уровень религиозности общества, но традиционно сохранялось «для очень многих немцев отнесение себя к христианской вере – прежде всего, общекультурный контекст, например, отграничение от ислама, а не непосредственное участие в церковной жизни». Несмотря на то что принцип плюрализма, преобладающий в современном западном обществе влияет на церковь в Германии, председатель Совета Евангелической Церкви Германии епископ Вольфганг Хубер констатировал, что «христианская традиция сохраняет особые значение и вес», «но всё же мы не христианская страна», – заключил он. Евангелическая Церковь Германии по-прежнему осуществляет благотворительную деятельность в больницах, домах инвалидов, приютах и образовательных учреждениях. Активно работает «Диаконическая служба» (Diakonisches Werk), собираются пожертвования. Свыше 3 млн. мирян ежегодно посещают разного рода просветительные мероприятия церкви. Наиболее эффективным видом работы с общественностью являются «дни церкви» (Kirchentage), во время их проведения проходят массовые мероприятия для прихожан и друзей церкви, что является формой сочетания богослужений, теологических дискуссий, семинаров и фестивалей. В немецком протестантизме господствуют либеральные тенденции. В апреле 1992 г. первым епископом-женщиной стала Мария Йепсен. Снисходительно Евангелическая Церковь Германии относится к проблеме гомосексуализма – однополые браки разрешены в 9 из 23 церквей. Являясь одним из институтов, принимающих активное участие в общественно-политической жизни страны, церковь делала заявления по таким вопросам, как война в Ираке, проблема иммиграции, отношения протестантизма и культуры и др. Евангелическая Церковь Германии выступила против войны США в Ираке, считая её неправедной и несправедливой.