Евфимий был погребён близ Преображенского собора обители зимой 1404/1405 г. Имя Евфимия появилось в наименовании монастыря не позднее 1430–1440 гг. Исследователи полагают, что в 1514 г. при копании рвов для возведения нового Преображенского собора был обретён гроб с нетленными мощами основателя (пространная редакция Жития Евфимия по мнению исследователей ошибочно датирует это событие 1507 или 1508 г. После окончания строительства собора около 1517–1518 гг. мощи Евфимия были положены в раку, поставленную в храме. Согласно писцовой книге Суздаля конца 1620 гг., Евфимиев монастырь находился на посаде города. Археологические раскопки 1969–1970 гг. подтвердили факт заселения территории будущего монастыря уже в XII–XIII вв., при этом в районе монастырской Успенской трапезной церкви были найдены фрагменты белокаменного здания того времени. К 2008 г. монастырские постройки располагаются на северной окраине города Суздаля, на левом берегу реки Каменки. В 1445 г. Евфимиев монастырь был разорён войсками казанских царевичей Мамутяка и Якуба, горел в 1501, 1707 гг. и 28 ноября 1852 г. До 1764 г. к Евфимиеву монастырю в разное время были приписаны находившиеся в Гороховецком уезде Мячковский Евфимиев во имя Василия Великого монастырь; в Суздальском уезде – Мстёрский в честь Богоявления монастырь, Липицкий Георгиевский, Ивановский Покровский, Макариев Решемский монастырь, Золотниковская в честь Успения Пресвятой Богородицы пустынь, а также суздальский во имя Василия Великого монастырь, шуйский Троицкий монастырь и др. К Евфимиеву монастырю были приписаны приходские храмы: в XVII в. – в честь Смоленской иконы Божьей Матери в подмонастырской Скучиловой слободе, с 1865 г. – во имя Всех святых в центре Суздаля, у торговых рядов. Согласно штатам 1764 г., Евфимиев монастырь был причислен к второклассным, в 1865 г. – к первому классу «с оставлением при прежнем окладе». Указом от 3 марта 1904 г. Святейший Синод отклонил ходатайство Евфимиева монастыря о переводе обители на оклад монастыря первого класса. По Житию Евфимия, к началу XV в. в обители подвизалось 300 человек. Во второй половине 1620 гг. в писцовой книге указаны архимандрит, келарь, 75 иноков, проживавших в 20 кельях, а также 15 человек в больничной келье. В Скучиловой слободе находилось 85 дворов монастырских слуг, «а людей в них тож». Согласно описи 1660 г., числилось 118 монашествующих, в том числе архимандрит Авраамий, келарь Арсений (Карпов), казначей Авраамий (Горецкой) и др. В 1701 г. в Евфимиевом монастыре и вотчинах проживали архимандрит, келарь, казначей, уставщик, четыре головщика, конарх, десять иеромонахов, семь иеродиаконов, пять псаломщиков, «сенадишный» старец, два пономаря, ризничий, конюший, посельский, житейный, «подкеларник и поддатель его», чашник, хлебодар, гробовой, дворецкий, часовник, гвоздарь, огородный, кузнечный, хлебопек; рядовой братии – 47 человек, хлебенной братии – 9, в больничных кельях – 52, «на водах и по сёлам» – 24 старца. В приписных Липицком монастыре было шесть старцев, в Василиевском – строитель и четыре старца. Согласно определению 1701 г., монастырю было положено 153 монаха, в 1728 г. проживал 131 монах, в 1750 г. проживали 60 монахов, в 1763 г. – 42 монаха.