В 1911 г. он произнёс актовую речь «Рукописное предание славянской Библии», в которой сформулировал основные проблемы, стоящие перед славянской библеистикой, показал значение критического издания Библии для церковной и светской науки, для решения библейско-канонических вопросов. И.Е. Евсеев считал, что работу по критическому изданию славянской Библии должна была возглавить Санкт-Петербургская духовная академия. Под её эгидой Библейская комиссия функционировала с 28 января 1915 г. до 1918 г., когда деятельность комиссии перешла в ведение Отделение русского языка и словесности Академии Наук. Члены комиссии брали на себя обязательство подготовить критическое издание той или иной библейской книги, работа была рассчитана на 60 лет. Председателем комиссии был ректор Санкт-Петербургской духовной академии епископ Анастасий (Александров), в неё входили Владимир Николаевич Бенешевич, Роман Фёдорович Брандт, Григорий Александрович Воскресенский, Николай Николаевич Дурново, Василий Михайлович Истрин, Григорий Андреевич Ильинский, Александр Викторович Михайлов, Владимир Николаевич Перетц, Алексей Иванович Соболевский, Николай Леонидович Туницкий, Алексей Александрович Шахматов и др. Координатором работ и наиболее активным членом комиссии был И.Е. Евсеев. Недостаточное финансирование и революционные события в России прервали работу комиссии, однако материалы и принципы публикации библейских текстов были использованы в работе Славянской библейской комиссии при Международном комитете славистов, созданной 19 сентября 1988 г. И.Е. Евсеев был сторонником постепенного введения в церковную практику кирилло-мефодиевского перевода, восходящего, по его мнению, к Лукиановской редакции Септуагинты. Он считал, что синодальным определением 1769 г. об использовании в качестве паремийных чтений текста Елизаветинской Библии «...русская церковная власть окончательно похоронила исконный церковный текст». Восстановить древнюю паремийную редакцию И.Е. Евсеев пытался, когда работал в возглавляемой архиепископом Сергием (Страгородским) Комиссии по исправлению богослужебных книг (1907–1917 гг.). Однако Синод этой идеи не поддержал. Во время работы поместного Собора 1917–1918 гг. И.Е. Евсеев прочитал на заседании Комиссии по научному изданию славянской Библии доклад «Творческие силы Библии», в результате чего комиссия обратилась к Собору с просьбой, во-первых, издать определение об обязательном домашнем чтении Библии, а во-вторых, начать подготовительную работу для исправления славянского и русского библейского текста и решения вопроса о возвращении к кирилло-мефодиевской редакции Библии. Одновременно И.Е. Евсеев направил Собору брошюру «Собор и Библия», в которой предложил программу общецерковных мероприятий по изучению и популяризации Библии: «Нашей церковной власти по отношению к Библии нужно решить три основных задачи: первая – элементарная: распространение Библии среди русского народа в возможно более широкой степени; вторая – определение объёма или состава славянской и русской Библии и третья – пересмотр текстов или переводов Библии». На основе этих обращений Собором был создан Библейский отдел, подготовивший проект определения «Об основных положениях Библейского совета при Высшем церковном управлении». Среди прочего этот орган должен был заниматься пересмотром и исправлением библейского текста. Однако Собор не успел утвердить этот проект.