Когда весной 1449 г. Шемяка возобновил войну с Василием II, нарушив «проклятые грамоты», выданные им в 1447 г., войско Василия II сопровождали митрополит и епископы. 2–3 июля 1451 г. вместе с митрополитом Ионой Ефрем по поручению уехавшего из Москвы великого князя Василия II находился в столице, осаждённой войсками ордынского царевича Мазовши, чтобы своим авторитетом и молитвами поддержать защитников города. В Ростовском владычном летописце в связи с кончиной Ефрема отмечено, что архиерей «пас церковь Божию 27 лет без дву недель». Был погребён в ростовском Успенском соборе, могила не сохранилась. Имя Ефрема было внесено во Вселенский синодик Успенского собора Московского Кремля, в синодики Ростовской епархии. В Ростове существовало местное почитание архиерея. Историк и библиограф Николай Платонович Барсуков приводит цитату из агиографической рукописи А.А. Титова, где между святыми «града Ростова» под 29 марта значится «св. Ефрем, архиепископ Ростовский, поставлен от митрополита Фотия в лето 6932 апрелия в 13 день, а преставился в лето 6962 марта 29. Погребён в ростовском Успенском соборе». Ефрем упомянут среди Ростовских святых в рукописи «Описания о российских святых», принадлежавшей историку и археологу Павлу Ивановичу Савваитову (XVIII в.). Архимандрит Леонид (Кавелин) указывает память Ефрема под 27 марта, под тем же днём память Ефрема приведена в «Месяцеслове» архиепископа Димитрия (Самбикина). Среди миниатюр Лицевого летописного свода 1570 гг. в Голицынском томе встречается композиция с преставлением Ефрема, который облачён в фелонь и омофор, имеет средней величины бороду (Российская национальная библиотека). По мнению исследователей, Ефрем изображён на иконах «Собор Ростовских чудотворцев» 1838 г. и конца XIX – начала XX вв. (церковь Толгской иконы Божьей Матери в Ростове), где представлены наряду с известными Ростовскими святыми и некоторые местночтимые святители. В более раннем произведении, где святые предстоят Владимирской иконе Божьей Матери, святитель с именем Ефрем написан третьим справа во втором ряду, за спиной Григория Ростовского, вполоборота к центру, в синем подризнике, красной фелони с золотыми крестами, розовом омофоре и золотой митре. У Ефрема тонкие черты лица, волнистые волосы и немного сужающаяся борода средней величины, тронутая сединой, надпись на нимбе: «ст. Ефремъ еп(с)кп. рост.». На другой иконе образ Ефрема с небольшой волнистой бородой и седыми вьющимися волосами на прямой пробор помещён вторым слева в третьем ряду. Он представлен в тёмной фелони с золотым орнаментом, в светло-розовом омофоре, с благословляющей десницей и Евангелием в левой руке, голова не покрыта. Исследователи не исключают, что здесь показан живший ранее Суздальский (Ростовский) епископ Ефрем, чей сан более соответствует надписи: «св. Ефремъ еписк.». Под 7 марта в иконописных подлинниках, в частности, в рукописи 1820 гг., встречается описание Ефрема: «Сед, брада немного подоле Сергиевы, на конце уже, риза святительска, амфор (омофор) и Евангелие» (Российская национальная библиотека). Образ Ефрема включён в композицию русских подвижников XV в. в росписи галереи, ведущей в пещерную церковь Иова Почаевского в Почаевской Успенской лавре (живопись в академической манере конца 1860 – 1870 гг. работы иеродиаконов Паисия и Анатолия, поновлена в 1970 гг.).