Раньше, весной 1435 г., начиная военные действия, Василий Косой «владыку Ростовского, идучи, пограбил». Важной в этот период была миротворческая роль братии расположенного неподалёку от Ростова Борисоглебского на Устье мужского монастыря, которому покровительствовали великий князь Василий II и его мать великая княгиня София Витовтовна. В 1433–1434 гг. изгнанный из Москвы Василий II укрывался в Борисоглебском монастыре, в конце января – начале февраля 1441 г. игумен монастыря Питирим вместе с троицким игуменом Зиновием крестил в обители сына Василия II – будущего великого князя Ивана III. В 1436 г. борисоглебский монах по просьбе князя Василия Косого добился заключения перемирия с великим князем Московским. В 1441 г. Ефрем участвовал, как полагают исследователи, в качестве первоиерарха (из-за отсутствия Новгородского архиепископа Евфимия II) в созванном в Москве по приказу великого князя Василия II Соборе епископов Северо-Восточной Руси. Архиереи осудили принятие митрополитом Исидором унии и решили обратиться к Константинопольскому патриарху Митрофану II с просьбой о поставлении на Русь другого митрополита. В 1446–1447 гг. Ефрем принимал непосредственное участие в действиях, которые привели к освобождению великого князя Василия II и его родных, находившихся под арестом в Угличе. В сентябре 1446 г. на Соборе духовенства «всее земли», созванном по инициативе князя Дмитрия Шемяки для решения судьбы князя Василия II, вместе с другими епископами Ефрем добивался решения об освобождении московской великокняжеской семьи. Решение было скреплено «проклятыми грамотами» об отказе от великого княжения, выданными Василием II, и «всех владык поруками». 29 декабря 1447 г. датируется грамота Собора, составленная от имени Ефрема и других русских епископов, в которой Шемяка обвинялся в продолжении усобицы, в неоказании помощи великому князю Василию II при отражении набегов из Орды и в невыплате дани в Орду. Ефрем и другие епископы призывали Галичского князя заключить мир и признать старейшинство правителя Москвы. Грамота заканчивалась угрозой отлучения Шемяки от церкви в случае непослушания. Высоко ценя заслуги Ефрема, Василий II в 1448 г., после заключения перемирия с Шемякой, из Костромы приезжал в Ростов, где праздновал Благовещение и встречал Пасху. Ростовский епископ выехал вслед за великим князем из Ростова в Москву, где 15 декабря 1448 г. участвовал в Соборе русских архиереев, на котором общерусским митрополитом был избран рязанский епископ Иона. Ефрем в тот же день был возведён в сан архиепископа. Находясь в Москве, 11 апреля 1448 г. Ефрем выдал старцу Кассиану, бывшему игумену Спасо-Каменного в честь Преображения Господня монастыря, выполнявшему важные поручения великого князя Василия II и митрополита Ионы, благословенную грамоту на игуменство в Кирилловом Белозерском в честь Успения Богородицы монастыре. В грамоте, удовлетворяя прошение братии монастыря, Ефрем выражал желание после возвращения в епархию «сотворити беседу духовную о всех церковных делех и о духовных».