11 ноября 1990 г. Евлогий хиротонисан во епископа Владимирского и Суздальского. Хиротонию, состоявшуюся в Успенском соборе Владимира, возглавил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. С 27 октября 1990 г. по 16 июля 1995 г. был председателем Синодальной комиссии по делам монастырей РПЦ. 25 февраля 1995 г. возведён в сан архиепископа. При Евлогии количество приходов в епархии увеличилось со 122 до 261, в настоящее время действуют 28 монастырей. Воссоздан владимирский Рождества Богородицы собор XII в. В епархии установлено 52 поклонных креста. Реализуется программа социального служения церкви, создаётся сеть приютов для детей и социально незащищённых граждан. При приходах и монастырях действуют околол 90 благотворительных столовых. Евлогий является сопредседателем областного Фонда социальной поддержки населения. За время управления Евлогием епархией восстановлена система духовного образования. В 1991 г. при епархиальном училище появились годичные пастырские курсы, реорганизованные в 1992 г. во Владимирское духовное училище. В 1997 г. духовное училище было преобразовано во Владимирскую духовную семинарию (в 2004 г. помимо заочной открыта очная форма обучения). К 2007 г. действовало два духовных училища, регентская, катехизаторская школы и школа псаломщиков. Евлогий был участником архиерейских Соборов 1988, 1994, 1997, 2000, 2004 гг. Награждён орденами св. Владимира второй и третьей степени, Сергия Радонежского второй и третьей степени, Даниила Московского второй степени, Серафима Саровского второй степени, Святого Креста и Гроба Господня всех трёх степеней Иерусалимской православной церкви, святых Кирилла и Мефодия третьей степени Православной церкви чешских земель и Словакии, орденами УПЦ и Белорусского Экзархата. Отмечен памятными медалями и грамотами Министерства обороны РФ, Министерства юстиции РФ, правительственной медалью за Всероссийскую перепись населения 2003 г. Удостоен звания почётного гражданина города Владимира (2006 г.). С 27 октября 1990 г. по 16 июля 1995 г. был председателем Синодальной комиссии по делам монастырей РПЦ. 25 февраля 1995 г. возведён в сан архиепископа. Решением Священного Синода от 16 июля 2013 г. назначен главой новообразованной Владимирской митрополии. С июля 2013 г. по май 2014 г. временно управлял Александровской епархией. 18 июля 2013 г. за богослужением в Троице-Сергиевой лавре патриархом Кириллом (Гундяевым) возведён в сан митрополита.