В монастыре находилась колония для малолетних правонарушителей, затем на территории обители были построены жилые дома, и размещались различные учреждения. Сосланный в Енисейск архиепископ Лука (Войно-Ясенецкий) вспоминал: «Незадолго до моего приезда в Енисейске был закрыт женский монастырь, и две послушницы этого монастыря рассказали мне, каким кощунством и надругательством сопровождалось это закрытие храма Божия. Дело дошло до того, что комсомолка, бывшая в числе разорявших монастырь, задрала все свои юбки и села на престол. Этих двух послушниц я постриг в монашество и дал им имена моих небесных покровителей: старшую назвал Лукией, а младшую – Валентиной». В 1993 г. Красноярской и Енисейской епархии был возвращён двухэтажный кирпичный келейный корпус монастыря, в котором открылась иконописная мастерская. Священники Успенского собора Енисейска многократно совершали городской крестный ход к Иверскому храму. В 1998 г. решением главы Енисейского района здание Иверского собора было передано РПЦ, по благословению епископа Красноярского и Енисейского Антония (Черемисова) началось возрождение монастырской жизни. 26 октября того же года, в день празднования Иверской иконы Божьей Матери, благочинный церквей Енисейского округа протоиерей Геннадий Фаст совершил в Енисейском монастыре первую литургию. Решением Синода РПЦ от 28 декабря 1998 г. Енисейский монастырь был возрождён, настоятельницей стала монахиня Варвара (Бортникова). К 2008 г. в Енисейском монастыре проживали четыре монахини, шесть инокинь, а также послушницы. Восстановлен Иверский храм – кубический, лишённый архитектурных признаков церковного здания, перекрытый четырёхскатной кровлей, с наличниками, близкими к неоготической стилистике. По распоряжению епископ Красноярского и Енисейского Антония монастырю передана сохранившаяся часть городской Воскресенской церкви, в которой в советское время находился один из цехов Механического завода. В апреле 2002 г. духовник монастыря священник Александр Постанчук отслужил первую литургию в Воскресенской церкви. К 2008 г. регулярные монастырские богослужения совершаются в Иверском и Воскресенском храмах. Рядом с Воскресенским храмом построен келейный корпус с домовой церковью во имя Иоанна Крестителя. Среди святынь Енисейского монастыря – сохранившаяся чтимая Казанская икона Божьей Матери, перенесённая крестным ходом из кафедрального Успенского собора в Иверский храм обители. В 2000 г. была найдена чугунная плита с могилы Даниила Ачинского, ныне хранящаяся в Успенском соборе. Летом 2007 г. была обретена часть надгробной плиты игуменьи Деворы. На месте несохранившегося монастырского кладбища поставлен поклонный крест с надгробной плитой игуменьи Деворы, у которого совершаются панихиды о всех почивших сёстрах.