В 1829 г. на полученное от императора Николая I пособие в Енисейском монастыре была возведена каменная ограда с несколькими башнями. Во время городского пожара 1869 г. погибли шесть монахинь, постройки Енисейского монастыря сильно пострадали. Насельницы, лишённые всего имущества, разместились в сторожке при Верхнеподгорненской церкви близ города Енисейска, затем в селе Казачинском (около 150 км от Енисейска), впоследствии переехали в Красноярск. В 1870 г. Енисейский и Красноярский епископ Павел (Попов) выступил с инициативой упразднения обители, но в том же году указом обер-прокурора Синода Енисейский монастырь был возобновлён. На средства членов Енисейского епархиального попечительства купцов И.И. Стахеева, И.Г. Пискунова, Т.И. Щёголевой, других благотворителей, а также трудами игуменьи Афанасии (Потёмкиевой) монастырь был отстроен, в 1871 г. заложили небольшой каменный храм в честь Иверской иконы Божьей Матери, освящённый 14 октября 1872 г. С тех пор монастырь стал именоваться Иверским (прежний монастырский храм Рождества Христова стал приходским; в 1916 г. в нём служили священник и псаломщик, приход насчитывал 262 мужчины и 294 женщины). В Иверской церкви служили священники Иоанн Пальмин (в 1872 г.), Иоанн Троицкий (с 1873 г.), Евгений Репьёв (с 1875 г.), Илия Тыжнов (с 1880 г.), Иоанн Вазингер (с 1919 г.). В 1885 г. в Енисейском монастыре проживали 45 сестёр (10 мантийных монахинь, 6 рясофорных и 4 указные послушницы, 25 насельниц «без определения»), а также епитимийца и два работника, в 1907 г. – около 55 сестёр. В начале XX в. монастырь владел 518 десятинами земли. При Енисейском монастыре существовала богадельня, с середины XIX в. – школа для девочек, в 1865 г. открылось трёхклассное училище для девиц духовного звания, преобразованное в 1888 г. в церковноприходскую школу. Последним законоучителем школы был расстрелянный в 1937 г. духовник обители священник И. Вазингер. С установлением в Енисейске советской власти начались притеснения насельниц. В мае 1920 г. постановлением президиума Енисейского губернского комитета РКП было вскрыто захоронение Даниила Ачинского. Часовня над его мощами была снесена, останки, вероятно, тогда же перезахоронены (к 2008 г. их местонахождение неизвестно). В том же году Енисейский монастырь был преобразован в Иверскую сельскохозяйственную артель. В неё вступили 45 человек, монахиня Антония (Петрова) стала председательницей. Артель имела три десятины земли, пасеку, ферму. Сёстры занимались рукоделием. 17 апреля 1923 г. Енисейский исполком упразднил Иверскую сельхозартель как «оплот реакционной общественной мысли, находящийся в прямом несоответствии с общим направлением совполитики». В апреле 1923 г. Иверский храм был передан верующим в качестве приходской церкви, но 15 мая 1923 г. его закрыли, здание использовалось различными учреждениями, в том числе Енисейским народным театром. Рождественский храм был уничтожен, на его фундаменте построено здание школы.