Жители города приняли Евгения с большой радостью, как своего благодетеля, и не хотели отпускать его, упрашивая погостить у них. Вскоре Евгений скончался и был погребён в церкви св. Евсторгия. По свидетельству Ландульфа, жители вскоре забыли о Евгении, и его гробница пришла в забвение. Через много лет святитель явился во сне некой парализованной женщине и объявил, что, если она хочет исцелиться, пусть откроет его гробницу, которая находится в церкви св. Евсторгия возле крещальной купели. Женщина рассказала об этом мужу, и тот, взяв людей, отправился в указанное место и обнаружил там захоронение с эпитафией, в которой упоминалось имя Евгения. Мощи святителя были изъяты из захоронения и с честью помещены в церкви рядом с мощами Евсторгия Медиоланского. Исследователи говорят, что рассказ о Евгении не находит подтверждения в других источниках. Кроме сочинения Ландульфа Старшего он содержится лишь в «Новом Берольде» Иоанна Боффы (составлен во второй половине XIII в.). Сообщая о Евгении, Иоанн Боффа ссылался непосредственно на архиепископа Фому. О Соборе в Риме, проходившем во время понтификата Адриана I и занимавшемся вопросом сохранения амвросианского обряда, сведений у исследователей нет. Однако они говорят, что в основе легенды лежит реально проводившаяся в Галлии реформа богослужения, пик которой пришёлся на правление Карла Великого, видевшего в унификации обряда залог единства церкви. Унификация происходила по римскому образцу. Возможно, что франкский правитель попытался провести подобную реформу и в Италии, после ликвидации Лангобардского королевства. Но истинной подоплёкой легенды являются отношения между Римом и Миланом в XI в., когда амвросианский обряд действительно стал подвергаться серьёзной романизации. Почитание Евгения в Милане имеет раннее происхождение. Если ссылка Ландульфа на сочинение архиепископа Фомы достоверна, то между кончиной Евгения и открытием его мощей прошло немного времени. Евгений преставился после 774 г., когда Карл Великий вторгся в Италию и осадил в Папии короля лангобардов Дезидерия. Пасху этого года Карл отпраздновал уже в Риме. Как полагают исследователи, спустя некоторое время был созван Собор, на котором обсуждались вопросы, связанные с амвросианским обрядом. О римских Соборах этого периода исследователям известно только из посланий папы Адриана I, главным образом, к Карлу Великому, в которых понтифик сообщал лишь то, что считал важным для правителя франков. Евгений почитался как святой уже при архиепископе Фоме. В конце VIII в. неким германским паломником были сделаны вставки в итинерарий «Notitia ecclasiarum urbis Romae» («Указание церквей города Рима»). В разделе, касающемся святынь Медиолана, в церкви св. Евсторгия упоминаются мощи святых Евсторгия, Магна и Евгения. Евгений назван не епископом, а преподобным. Это обстоятельство породило предположение, что он был не иноземным епископом, скончавшимся в Медиолане, а местным монахом, возможно, настоятелем одного из монастырей. Однако никаких данных, подтверждающих эту теорию, у исследователей нет. Память погребения и перенесения мощей Евгения под 30 декабря значится в Амвросианском календаре (XI в.), а также в рукописи Берольда (около 1130 г.) – сводном уставе амвросианского обряда (назван по имени составившего свод клирика кафедрального собора в Милане) и в «Книге указаний о Миланских святых» (XIV в.). В настоящее время мощи Евгения покоятся в реликварии под главным алтарём базилики св. Евсторгия в Милане.