Евгений пребывал в муромском Спасском монастыре, управляя им на правах настоятеля. С 14 июня 1912 г. – епископ Юрьевский, первый викарий той же епархии, настоятель Боголюбского в честь явления Боголюбской иконы Божьей Матери (Рождества Богородицы) монастыря. Указом от 4–23 июля 1912 г. назначен председателем Владимирского епархиального училищного совета. Награждён орденами св. Владимира четвёртой (1907 г.) и третьей (1911 г.) степени, св. Анны первой степени (1915 г.). 3 мая 1917 г. епархиальный съезд при 20 воздержавшихся постановил удалить из епархии Владимирского и Шуйского архиепископа Алексия (Дородницына). 18 мая Синод предоставил архиепископу Алексию двухмесячный отпуск, возложив временное управление епархией на Евгения. 10 июня Синод уволил архиепископа Алексия на покой и благословил произвести выборы кандидата для замещения Владимирской архиерейской кафедры. 9 августа 1917 г. на чрезвычайном епархиальном съезде правящим архиереем был избран (и 10 августа утверждён) архиепископ Сергий (Страгородский, в 1943–1944  гг. – Патриарх Московский и всея Руси). Евгений на выборах во втором туре получил 27 голосов. 17 августа 1917 г. новоизбранный Владимирский и Шуйский архиепископ Сергий утвердил распределение дел между преосвященными. Евгению было поручено замещение священнических мест в Юрьевском и Покровском уездах; в его ведение поступали Владимирские духовное и епархиальное женское училища. Как первый викарий епархии Евгений жил во Владимире в архиерейском доме. После занятия архиерейского дома Губернской ЧК поселился в Боголюбском монастыре. В июле 1918 г. в качестве почётного гостя присутствовал на епархиальном Соборе в Нижнем Новгороде; при выборах на кафедру епископа Нижегородского получил один голос. С октября 1918 г. – заместитель председателя Миссионерского совета Владимирской епархии. 17 ноября 1919 г. назначен епископом Олонецким и Петрозаводским. Под архиерейскую резиденцию Евгения был приобретён деревянный дом на пл. Свободы (бывшая Соборная) города Петрозаводска. Был погребён за алтарём Свято-Духовского (нового) кафедрального собора (храм взорван в 1936 г.).