23 октября 1931 г. освобождён с ограничением выбора места проживания. Поселился в Вологде, где находился под надзором ОГПУ. Зарабатывал на жизнь уроками немецкого языка и игры на фортепьяно. Долгое время не вступал в общение с вологодским духовенством, верным митрополиту Сергию; проводил богослужения на дому. Поддерживал переписку с Новгородским митрополитом Арсением (Стадницким), который убеждал Евгения, что церковная позиция митрополита Сергия является оправданной и, несмотря на личные разногласия, надо действовать с ним заодно. Встречался с управляющим Вологодской епархией Кронштадтским епископом Венедиктом  (Плотниковым, с 1933 г. – архиепископ Вологодский). В январе 1933 г. вернулся в каноническое общение с митрополитом Сергием. Выступал с проповедями и богословскими беседами на частных собраниях. С февраля 1934 г. по поручению митрополита Сергия работал над сочинением «Вологодские святые» (критика на магистерскую сочинение протоиерея А. Копейлева). Также продолжал работу над такими научными трудами, как «Философия Оригена» и «Предки казахского народа» (впоследствии при аресте рукописи были изъяты). Арестован 27 июля 1934 г. в Вологде. Обвинялся в том, что, «будучи враждебно настроен к Советской власти, свои убеждения внушал своим близким знакомым; организовывал и проводил нелегальные религиозные сборища, пытался наладить дело оказания материальной помощи административно высланному духовенству». 29 ноября особым совещанием при НКВД приговорён за «антисоветскую деятельность» к трём годам ссылки в Казахстан. Проживал в Чимкенте, где собрал большую библиотеку, начал писать работу «История города Чимкента». Осенью 1935 г. получил предписание выехать в село Ленинское (ныне Казыгурт), в 75 км от областного центра, но после обращения к Генеральному прокурору СССР Андрею Януарьевичу Вышинскому Евгений был оставлен в Чимкенте. Наладил переписку с отбывавшим ссылку в посёлке Яныкурган Казанским митрополитом Кириллом (Смирновым), подготовил для него историческую справку о возможности хранения и вкушения мирянами Святых Даров. Евгений активно пытался убедить митрополита Кирилла и связанных с ним других «непоминающих» примириться с митрополитом Сергием. 24 июня 1937 г. арестован и заключён в чимкентскую тюрьму. Проходил по одному следственному делу с митрополитами Кириллом (Смирновым) и Иосифом (Петровых). Евгения обвиняли в том, что он был одним из руководителей «контрреволюционной повстанческой организации церковников». 19 ноября Особой тройкой УНКВД по Южно-Казахстанской области приговорён к расстрелу. Казнён вместе с митрополитами Кириллом и Иосифом в так называемой Лисьей балке под Чимкентом. Канонизирован РПЦЗ в 1981 г.