31 мая 1987 г. Ленинградский и Новгородский митрополит Алексий возглавил хиротонию Евгения во епископа Тамбовского и Мичуринского в Свято-Троицком соборе Александро-Невской лавры. Евгений участвовал в поместном Соборе РПЦ 1988 г., был членом мандатной комиссии на поместном Соборе РПЦ 1990 г. по избранию Патриарха Московского и всея Руси. В 1990–1993 гг. с разрешения Священного Синода избирался депутатом облсовета и членом Малого Совета народных депутатов Тамбовской области. 25 февраля 1991 г. возведён в сан архиепископа. С 25 марта 1991 г. – председатель Комиссии Священного Синода по вопросам пенсионного обеспечения и социальной защиты работающих в РПЦ. 23 июня 1988 г. по ходатайству Евгения церкви были возвращены мощи Питирима Тамбовского, а впоследствии многие церковные ценности, хранившиеся в музеях области. В декабре 1991 г. был в составе Комиссии Священного Синода по освидетельствованию мощей Серафима Саровского. Под его руководством восстанавливали разрушенные и строили новые храмы, количество которых возросло в епархии с 38 до 120, началось возрождение монастырей. В 1988 г. Евгений провёл повторную после 1987 г. реставрацию Покровского кафедрального собора Тамбова, в росписях храма появилась тема Тамбовских святых. Под его руководством осуществлялся сбор сведений о подвижниках Тамбовской земли. На основе собранных данных была написана икона «Собор Тамбовских святых». 16 февраля 1988 г. по ходатайству Евгения патриарх Пимен установил празднование Собору Тамбовских святых 10 августа ежегодно. В Тамбове было вновь открыто духовное училище. С 1994 г. в епархии ежегодно стали проводить Питиримовские образовательные чтения. Евгений активно развивал церковную благотворительность: оказывал материальную и духовную поддержку детям-инвалидам, многодетным семьям, ветеранам. В 1991 г. был членом Президиума Тамбовского областного детского фонда. Входил в состав Юбилейной богословской комиссии Священного Синода по подготовке празднования 2000-летия Рождества Христова. 21 июня 2001 г. Указом патриарха назначен временно управляющим Нижегородской и Арзамасской епархией, 12 марта 2002 г. определением Священного Синода – архиепископом Нижегородским и Арзамасским с сохранением управления Тамбовской епархией. Продолжил восстановление Вознесенского Печерского мужского монастыря и стал его священноархимандритом. Евгений начал подготовку к юбилейным торжествам в Сарове и Дивееве, посвящённым 100-летию со дня прославления Серафима Саровского, завершить которые ему не удалось из-за кончины. 13 октября 2002 г. отпевание Евгения  кафедральном Спасо-Преображенском соборе Тамбова возглавил Симбирский и Мелекесский архиепископ Прокл (Хазов). Похоронен у южной стены Казанского собора тамбовского в честь Казанской иконы Божьей Матери мужского монастыря, рядом с могилой Тамбовского епископа Феофила (Раева). В годовщину кончины Евгения над могилой была построена часовня. Награждён орденами св. Владимира третьей степени, св. Даниила Московского второй степени, святителя Иннокентия второй степени. Отмечен наградами православных церквей Иерусалимской, Чешских земель и Словакии, государственными орденами Почёта (1997 г.), «За заслуги перед Отечеством» четвёртой степени, серебряной медалью «За укрепление уголовно-исполнительной системы» (2000 г.). Удостоен звания лауреата премии имени Луки (Войно-Ясенецкого; 1997 г.), а также звания почётного гражданина Тамбова (2002 г.).