Иконография Евгения включает немало живописных и графических портретов, относящихся, в основном, ко времени его пребывания на Киевской кафедре. Наиболее ранним, запечатлевшим Евгения в сравнительно молодом возрасте, в период его служения в Вологодской епархии, является поясной портрет на холсте первой половины XIX в. (Вологодский музей), происходящий из Димитриева Прилуцкого монастыря. Изображение принадлежит к изводу, представляющему иерарха вполоборота влево, с русыми волосами и небольшой вьющейся бородой, в довольно редком облачении – в архиерейской мантии, омофоре и митре, с панагией, крестом и орденом св. Анны на груди, в правой руке – жезл с навершием в виде посоха, на сулоке вышит вензель Евгения («епископ Евгений»). В его иконографии этот тип облачения практически не встречается, уступив место «кабинетному» варианту. Из-за отсутствия подписи памятник считался портретом неизвестного архиерея, однако черты лица изображённого полностью совпадают с обликом Евгения на гравюре 1816 г. работы Александра Анатольевича Осипова, сделанной по заказу Платона Петровича Бекетова в технике пунктира (экземпляры – Государственная публичная историческая библиотека, Церковно-археологический кабинет Московской духовной академии). На эстампе иерарх представлен в другом одеянии – в рясе и чёрном клобуке, с панагией, орденами св. Владимира и св. Анны на лентах и с орденскими звездами, правой рукой придерживает книгу. Внизу подпись: «Евгенiй Архiепископъ Псковскiй, Лифляндскiй и Курляндскiй, и орденовъ Св: Владимiра 2-й степени и Св. Анны 1-го класса Кавалеръ». По мнению исследователей, и живописный портрет, и гравюра созданы на основе несохранившегося раннего образца с изображением Евгения в ранние годы архиерейского служения. К неизвестному оригиналу восходят и многочисленные поясные изображения иерарха «киевского» извода 1820 гг. – начала XX в. из собраний Киево-Печерского историко-культурного заповедника (11 полотен), Исторического музея и др. Евгений представлен старцем с седой бородой средней величины, в рабочем кабинете возле стола, вполоборота вправо, в синей рясе и белом клобуке с крестом, с панагией, наперсным крестом и многочисленными наградами – орденами апостола Андрея Первозванного, Александра Невского, св. Владимира, св. Анны и орденскими звёздами, в левой руке чётки. В соответствии с академической портретной традицией он изображён на фоне колонны с зелёной драпировкой, в левом верхнем углу – пейзаж с видом Киево-Печерской лавры со стороны Днепра, справа – полка с книгами, на которой стоит митра. Надпись на обороте портрета, происходящего из Голосеевской пустыни (Киево-Печерский историко-культурный заповедник), указывает не только дату, но и час смерти Евгения («...въ 9ть часовъ»), что даёт исследователям основание считать произведение прижизненным, а текст – добавленным вскоре после кончины митрополита.