В 1812 г. в Калужскую губернию вступили войска императора Наполеона. 6 июля 1812 г. в Калуге был получен манифест, призывавший все сословия империи к оружию и к пожертвованиям. По личному примеру Евлампия духовенство Калужской епархии собрало пожертвования «на военныя издержки» (9204 руб. и различные золотые и серебряные предметы). По благословению Евлампия в ряды калужского ополчения (15 тыс. человек) вступили и семинаристы. После молебна архиерей привёл ополченцев к присяге, произнёс напутственную речь. Окропив ратников святой водой, Евлампий вручил начальнику ополчения генерал-лейтенанту Дмитрию Дмитриевичу Шепелеву хоругвь с изображением калужской иконы Божьей Матери и Калужского блаженного Лаврентия (после возвращения ополчения из заграничного похода с 1814 г. хоругвь находилась в калужском кафедральном соборе; ныне – в Калужском краеведческом музее). Молитвенный подвиг святителя отмечен в акафисте Божьей Матери, который читается перед Калужской иконой. По благословению Евлампия во время войны во всех церквах епархии ежедневно совершались богослужения и соборные молебны с крестным ходом, а перед Калужской иконой Божьей Матери – ночные молебны. С 1812 г. в память избавления Калуги от опасности по благословению Евлампия ежегодно 12 октября (в день битвы под Малоярославцем) вокруг города стал совершаться крестный ход с Калужской иконой Божьей Матери. После наполеоновского нашествия многие храмы и монастыри епархии были разрушены и, согласно поданному Евлампием рапорту, Святейший Синод обязал соседние с Калугой епархии помогать восстановлению обители и церкви. Так, из Тулы в Калугу были присланы восемь напрестольных крестов, 21 Евангелие, восемь комплектов богослужебных сосудов, 108 комплектов покровцов, 91 риза; из Курска – три ящика с облачением и утварью и ещё три ящика – от монастырей и церквей Санкт-Петербургской епархии. При непосредственном участии Евлампия в Калуге была образована комиссия для помощи бедствующему духовенству. Когда в августе 1812 г., перед вступлением французских войск в Смоленск, Смоленский и Дорогобужский епископ Ириней (Фальковский) покинул епархию вместе с частью духовенства, Евлампий был назначен временно управляющим и Смоленской епархией. Однако пережитые трудности сказались на его здоровье: 2 мая 1813 г. он ушёл на покой, поселившись в Лаврентиевом калужском в честь Вознесения Господня монастыре. Проводил время в посте и молитве, собрал обширную библиотеку на русском, латинском и французском языках. Заложил у стен обители фруктовый сад. По воспоминаниям современников, обладая слабым здоровьем, Евлампий вёл аскетический образ жизни, регулярно совершал богослужения, черпая силы «у престола». «Я только тогда чувствую себя здоровым, когда служу», – признавался он. Скончался во время литургии в день празднования Вознесения Господня. Завещал похоронить себя в Лаврентиевом монастыре, но по ходатайству почитавших архипастыря калужских горожан погребён в кафедральном Троицком соборе Калуги, около южной стены. Отпевание архиерея совершил Тульский и Белёвский епископ Амвросий (Протасов). В XIX – начале XX в. на могиле Евлампия служились панихиды, верующие получали исцеление. В 1920 гг. собор был закрыт, в нём располагались различные учреждения. После возвращения собора Калужской епархии в 1991 г. в подвальных помещениях были обнаружены осквернённые останки нескольких архиереев.