В последующей патристической мысли проблемы естественного богопознания и естественной религии в целом решались в намеченном ранними авторами русле: знание о Боге вложено в природу каждого человека, однако реализация возможности богопознания и религиозного служения Богу происходит благодаря подаваемой через Христа благодатной божественной помощи. Характерным примером является высказывание Иоанна Дамаскина (VIII в.): «Бог не оставил нас в совершенном неведении, ибо знание того, что Бог существует, Им естественным образом всеяно во всех». Таким образом, существует как бы два религиозных откровения: первое содержится в самой природе человека как создания Божия, второе подаётся через Христа, даруя человеку полноту истинной религии. Тем самым и природа, и благодать возводятся к божественному действию. Такое понимание позволяет Иоанну Дамаскину согласовать учение о естественной религии с важнейшим для христианства тезисом: «Никто никогда не познал Бога, если кому не открыл Он Сам» (Ин. 1:18). Значимой стадией дальнейшего осмысления понятийного содержания естественной религии является формулируемое в средневековой схоластике учение о свойственном человеку «естественном свете разума» («lumen naturalis rationis»), благодаря которому человек способен познавать в том числе и некоторые религиозные истины. Фома Аквинский (XIII в.) развивал представление о «естественном разуме» в «Сумме против язычников» («Summa contra gentes»), которая во многом представляет собой реакцию на становившиеся всё более известными на латинском Западе религиозные идеи ислама. Согласно Фоме, существует два рода богословских истин. Истины, относящиеся к первому роду, «превосходят всякую способность человеческого разума». В качестве примера такой истины Фома приводит учение о Святой Троице. Напротив, истины второго рода «могут быть достигнуты естественным разумом (ratio naturalis)». Фома специально заостряет внимание на том, что истины второго рода являются рациональными и потому доступны даже внешним по отношению к христианству «философам», которые «направляемы естественным светом разума». Такие истины – факт существования Бога, Его единство и некоторые другие свойства. Что ещё более важно, Фома заявлял, что доступные «естественному разуму» религиозные истины не являются «положениями веры» («articula fidei»), но суть лишь нечто предварительное (praeambula), так что «вера предполагает естественное познание», которое должно предшествовать вере. Если в патристике содержание естественной религии считалось искажённым отражением подлинных теологических истин (т.е. находилось внутри теологии), то в рамках учения Фомы это содержание постепенно лишается своего теологического и религиозного статуса, отходя в область философии. Таким образом, в средневековой схоластике естественная религия всё больше сводится к спекулятивному содержанию и рационализируется, в результате чего понятия «естественная религия» и «естественная теология», по сути, сливаются. При этом выделяется особая область богословских истин, постигать которые человек может без специальной помощи благодати.