Подобно тому как человеческая душа представляет собой неразрывное единство трёх составляющих: бытия (esse), мышления (nosse) и воли (velle), так и Бог представляет Собой триединство высшего Бытия, Мышления и Воли, которые в Нём абсолютны, неизменны, вечны и суть три Лица – Отец, Сын и Святой Дух. Вместе с тем Августин ясно осознавал недостаточность как внешней, так и внутренней естественной теологии. Он указывал на неточность самого метода аналогий, лежащего в основе и той, и другой естественной теологии, поскольку все тварные аналогии и подобия далеки от божественной истины. Поэтому он учил, что после обращения человека от созерцания внешних вещей вовнутрь, к самому себе (in se ipsum redire), к своей душе, он должен осознать всю её изменчивость и несовершенство и попытаться подняться над самим собой (transcendere se ipsum) к вечным и неизменным идеям и Самой Истине. В поставгустиновский период серьёзный вклад в рассмотрение тематики естественной теологии внёс Боэций. Основываясь на трудах Аристотеля, он различал три части философии: теоретическую (speculativa), практическую (activa) и логическую (rationalis); в свою очередь, теоретическая часть философии также разделяется на три части: физическую (naturalis), математическую (mathematica) и богословскую (theologica). Согласно Боэцию, богословие – это отвлечённая (abstracta) наука, изучающая божественную сущность, отделённую от вещей, нематериальную и неподвижную. В исследованиях богословие опирается на умственное познание (intellectualiter); оно не опирается на образы (imaginationes), но «всматривается в саму форму, которая поистине есть форма, а не образ, – в ту форму, которая есть само Бытие (esse ipsum est) и из которой происходит бытие». Следуя античной традиции, Боэций не отличал естественную теологию от философии, но считал её составной частью последней. С другой стороны, как христианский богослов, Боэций находил необходимым добавлять к естественной теологии богооткровенное богословие, основанное на божественном авторитете – Священном Писании и церковном Предании, которые призваны руководить частными богословскими изысканиям. Боэций указывал, что в богословских исследованиях необходимо соединять веру и разум, и что существует некий предел, за который не может вести путь разума. Этот его подход к естественной теологии и определение её места в христианском богословии наряду с августиновским разделением естественной теологии на внешнюю и внутреннюю лёг в основу последующего развития естественной теологии. Большое внимание вопросам естественной теологии уделял папа Римский Григорий I Великий, который воспринял августиновское учение о пути богопознания, состоящем из трёх основных ступеней: отрешение от внешнего материального мира (extra nos); вхождение в себя (in semetipsos), самопознание (или «сужение» себя); превосхождение себя (super semetipsos), своей тварности и ограниченности в непосредственном созерцании Бога. Григорий Великий соотносил естественную теологию с одной и двумя ступенями этого пути, т.е. разделял естественную теологию на внешнюю и внутреннюю. На первом этапе человек не только устремляет свой дух к небесному и духовному и стремится духовно выйти за пределы всего телесного, но и созерцает внешний мир (exteriora).