Александрийская богословская традиция впервые систематически освоила весь круг проблем естественной теологии. Наибольшая заслуга в этом принадлежала Клименту Александрийскому, который поставил проблему соотношения естественного и богооткровенного знания, взаимосвязи веры и знания, а также исследовал механизмы познания. Он утверждал, что во всех людях, а особенно в тех, кто усиленно занимаются наукой, вливается некий божественный поток, искры божественного Слова, некое предварительное мнение о Боге: Он один, Он не гибнет и не рождается, всегда пребывает на небе. Климент опирался среди прочего на платоников: ум есть своего рода истечение божественного в душе, хотя присущий человеку дух не есть частица Божества. Источник всякого знания – это здравый разум, «солнце души». Метод достижения положительных сведений во всех областях знания, развёртывания первоначальных представлений, состоит в некоей духовной интуиции, имеющей широкую сферу применения. Назначение человека, его природное свойство – познание Бога. Первичное знание телеологично, оно наполнено смыслом – представлением о совершенном существе, Божестве. Представление об Отце и Творце является врождённым для всех и не требует специального научения. Ни один человек, какого бы положения он ни был, не может жить, не имея предварительного представления о совершенном существе. Все народы имеют одинаковое представление о высшем божественном владычестве, которое предшествует вере и более полному знанию того, что есть Бог, каким образом Он является Господом, Отцом и Творцом. Остальное знание, т.е. знание, связанное с верой в божественное Воплощение и искупление человечества, обретается уже в результате научения. Предварительное знание не является производным лишь человеческого разумения, оно послано Богом. Его носители по преимуществу – философы, поэтому для греков философия служила приготовлением к принятию христианства. Также как и Иустин Философ, Климент Александрийский полагал, что само по себе философское знание ограничено. Античная максима «познай себя» уточняется Климентом: погрузившись в самопознание, мы одновременно постигаем божественную причину своего существования. Таким образом, естественная теология у Климента опирается, в первую очередь, на внутреннее устройство человека, а не на данные окружающего его мира, поэтому своё первое применение она получает в области этики. Вслед за стоиками Климент утверждал, что именно здравый разум является критерием нравственного поведения. Благодаря присущей всякому человеку врождённой вере, человек способен избирать лучшее. Христианская жизнь предстаёт как система разумных практик, исполнение предписываемого разумом. Следующий по времени представитель александрийской богословской школы, Ориген, особое внимание уделял церковному учению как самодостаточной системе. Бог познаётся, в первую очередь, из дел творения: «Наш ум познаёт Отца всех тварей из красоты дел и великолепия вселенной», причём познаётся не физическими органами чувств, а духовным «божественным чувством» ума. При помощи вращения небесных сфер Бог начертал на небе письмена для тех, кто умеет читать божественные знаки.