После возвращения в Москву Ефрем снова предстал перед Собором, на заседании которого был заслушан письменный отчёт о нижегородской поездке. Раскаяние старца было признано искренним, ему назначили день принятия «благодати прощения». Эта церемония состоялась в Успенском соборе Московского Кремля: Ефрем в последний раз прочёл «народне покаянное своё писание со многими слезами», после чего было произнесено прощение от лица Собора (этот текст завершал первоначальную редакцию соборного деяния). Соборным решением Ефрема определили на жительство в Новоспасский монастырь. Однако, судя по ещё одному сохранившемуся в делах Собора документу, Ефрем прожил в московской обители недолго и был переведён в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы монастырь. 13 апреля 1670 г. церковным властям стало известно, что Ефрем приехал в Москву из Кириллова монастыря без указа царя и благословения патриарха и епархиального архиерея, живёт в столице на монастырском подворье «многое время, а в церковь Божию не ходит он многое время». Ефрема вызвали на проходивший в то время Собор, где он сообщил, что приехал в Москву с ведома архимандрита, в Кирилловом монастыре имел духовного отца иеромонаха Иакова, по уставам монастырским «причащался з братьею вместе», а «приехав к Москъве, живучи на монастырском подворьи, заскорбел. А как был здоров, и он к церкви Божии к церковному правилу приходил. А в которые дни принимал лекарства, и за скорбию своею к церкви Божии не приходил, и в скорби своей призвал к себе в отцы духовные чорного священника Иева, что бывал в Воскресенском монастыре строителем. И святых Божественных Таин причащался он в церкве Божии святаго Афонасия». На Соборе была предъявлена принадлежавшая Ефрему рукописная (?) книга «Новый Завет» с его приписками. Старец показал, что «те-де приписки приписывал он для памяти, чтоб ведать, где сыскать, в котором месте которая статья написана, с кем доведетца говорить или вопросить». Как полагают исследователи, здесь же были какие-то выписки, о которых его «многажды допрашивали», «и он никакова ответу не дал, а что-де я написал, и того и сам не ведаю, а сомнения ни в чём не сказал, и как ныне приняла святая соборная Церковь, и он то все истинно приемлет и ничему не противится». Этот документ 1670 г. содержит последнюю известную дату из жизни Ефрема. Благосклонное и уважительное упоминание Ефрема в полной полемических выпадов «Книге обличений, или Евангелии вечном» протопопа Аввакума свидетельствует о том, что даже после принесения Ефремом раскаяния на Соборе 1666 г. его авторитет в старообрядческой среде оставался неизменным. Обращает на себя внимание исследователей и ещё один факт: пустозёрские узники были хорошо осведомлены о многих событиях, происходивших в Центральной России, поэтому упоминание Ефрема в «Книге обличений» может указывать на то, что в середине 1670 гг., когда писалось это произведение, Ефрем был ещё жив. Имя Ефрема, как и имя Спиридона (Потёмкина), внесено в синодик Новодевичьего монастыря 1710 г. в поминание игуменьи Памфилии (Потёмкиной; 1693–1701 гг.).