В изложение письма в седьмом деянии Собора был включён фрагмент, в котором «заблуждения» Ефрема объяснялись его «неведением книжнаго разума», а также западнорусским происхождением. Материалы Собора показывают, что окончательное решение по делу Ефрема было принято не сразу. Первое, состоявшееся, как полагают исследователи, в мае, после подачи Ефремом «покаянного письма», определение Собора «О прощении старца Ефрема Потёмкина» (сохранившееся в двух списках) содержит изложение «покаянного письма» и заключительное прощение: «Разрешаем и прощение подаём данною нам властию». Решение направить Ефрема в Поволжье для публичного принесения раскаяния в тех местах, где он проповедовал прежде, появилось позже (на заседании 1 июня 1666 г.) и было внесено в окончательную редакцию соборного деяния, составленную уже после возвращения Ефрема из этой поездки в Москву. Сопровождающими Ефрема в поездке были назначены старец московского в честь иконы Божьей Матери «Знамение» монастыря Филарет и диакон Василий. На основании текста позднейшей редакции соборного деяния исследователи высказывали предположение, что мать и сестра Ефрема, инокини Новодевичьего монастыря, выразили сомнение в искренности раскаяния Ефрема и подали Собору соответствующую челобитную. Ефрема вновь призвали к ответу, и он уверил, что не просил мать и сестру писать какое-либо прошение и «весма отрече, не точию словесне, но и писанием с приложением руки своея». Подлинное «писание» Ефрема, сохранившееся в материалах Собора, датировано 12 июня 1666 г., оно существенно проясняет обстоятельства дела. 11 июня обе инокини приехали в Новоспасский московский в честь Преображения Господня монастырь, где содержался (видимо, «под началом») Ефрем, повидаться с ним «и, видясь со мною, спросили меня, будешь ли-де назад и мы тебя увидим ли, и я им сказал: “Про то не ведаю: наказ у старцов, с которыми мне ехать”... А матери я своей старице Марине и сестре, – разъяснял Ефрем, – о том, чтобы мне туда не ехать, бити челом не приказывал... разве будет оне учинили челобитье какое собою, чая меня оттуды не видать». Ефрем с сопровождающими выехал из Москвы 16 июня 1666 г., им было велено «на Болахне, и в Нижнем, и в Макарьевском монастыре, что на Жёлтых песках, в церквах Божиих и в торговые дни во весь народ вычитати писмо, каково принёс ко освященному Собору старец Ефрем Потёмкин» (подробный отчёт об этой поездке сохранился в делах Собора). Ефрем зачитывал «покаянное письмо» в храмах после литургии перед специально собранным по этому случаю народом в Нижнем Новгороде (дважды, в начале и в конце поездки), в Макариевом Желтоводском монастыре (11-16 июля, в дни ярмарки), в Балахне (20-24 июля). Иногда «письмо» зачитывал «во весь народ» диакон Василий, «потому что старец Ефрем чтет неслышно и людем не внятно».