Сюда приходили к Ефрему единомышленники: «А хаживали к нему на лыжах бортники и из далных, государь, деревень крестьяня». Ефрем иногда покидал своё жилище: «Ис той-де пустыни выхаживал в Нижней Новгород, и на Болахну, и к Макарею, чюдотворцу Желтовоцкому, для хлеба и соли купить». Эти поездки совершались не только ради житейских нужд, но и для проповеди идей старообрядчества: «Когда по случаю нужды ради хлеба и соли исходил, и учил о знамении крестном и о Символе веры». Когда, например, летом 1666 г. выясняли у жителей Балахны и Балахнинского уезда, знают ли они Ефрема, «по допросу балахонцы и уездные всяких чинов люди сказали, что они ево, старца Ефрема, не знают, а слухом про него слыхали». Известность Ефрема как активного защитника «старой веры» и, возможно, знакомство властей с его «тетрадями», оказавшимися среди конфискованных в январе 1666 г. бумаг игумена Феоктиста, привели к аресту керженского скитника и его привлечению к соборному суду. А.Н. Лопухин, в декабре 1665 г. – феврале 1666 г. проводивший масштабную розыскную экспедицию «в суздальских, вязниковских, муромских, нижегородских, костромских и вологодских пределах», получил прямой приказ о розыске Ефрема, который он сумел исполнить к 23 марта 1666 г. В отписке, датируемой этим днём, А.Н. Лопухин сообщал, что «ходили... и искали на лыжах и к ево, Ефремовым, кельям дошли по лыжницам. А санных дорог к ево кельям нет». Ефрем был выслан в Москву, его кельи сожжены. 30 апреля 1666 г. Ефрем предстал перед отцами Собора в Патриаршей крестовой палате. Как следует из записи этого заседания, Ефрем сообщил о себе некоторые сведения и показал, что «отца-де духовнаго не имел и Святых Пречистых Христовых Таин не причащался того ради, что не у ково было исповедатца и за епитемьею. А епитемию положил сам на себя, прочитаючи жития святых отец». На вопрос Собора, почему не нашёл себе отца духовного в монастырях Нижнего Новгорода, Балахны и других городов, куда выезжал из своего скита, ответил, что «учинил он то нерадением своим и леностию и просит у освященного Собора прощения, и чтоб дать ему сроку дни на три, и он-де о своём погрешении рукописание своею рукою» напишет. В начале мая (точная дата неизвестна) Ефрем подал Собору «покаянное письмо», в котором писал обо всём, в чём «в неведении моем согреших, хуля на святую восточную Церковь, и на новоисправленныя ныне Божественныя книги, и чины их». Кратко перечислив главные пункты своих расхождений с церковью, он призвал сторонников, «прелщенных от мене и от прочих, подобных мне, Господа ради прелести той не имите веры».