Подобные представления о патриархе Никоне, получившие распространение среди первых последователей старообрядчества, подвергал критике ещё Фёдор Иванов в «Послании ко всем православным об антихристе» (имя Ефрема в сочинении прямо не называется). Фёдор ссылается на Священное Писание, в котором утверждается, что антихрист выйдет из колена Данова и будет царь, а не патриарх. Сходным образом опроверг свои взгляды Ефрем в «покаянном письме»: «О антихристове же приходе и о его многоскверном рождении ясно нам показует Божественное Писание: не в росийских убо местех родится». На заседании Собора своё предсказание семи голодных лет Ефрем объяснил ошибочной хронологической выкладкой: «...Не умея счести числа во 12-й главе Даниила пророка» (фрагмент внесён в седьмое деяние). Исследователи полагают, что взгляды Ефрема, отразившиеся в его не дошедших до нас сочинениях и проповедях, затрагивали более широкий круг волновавших старообрядцев вопросов, чем те, которые стали предметом разбирательства на Соборе. На это указывает упоминание имени Ефрема в «Евангелии вечном» Аввакума Петрова, написанном в середине 1670 гг. (по мнению А.Т. Шашкова, около 1676 г., по мнению Н.Ю. Бубнова, в 1673–1674 гг.) и отразившем пустозёрские споры этого времени. Из данного полемического сочинения исследователи делают вывод, что Ефрем так же исповедовал Святую Троицу, как и Фёдор Иванов, и «образ Божий» определял «по начертанию телесному». Аввакум возражал: «Зрите, Ефрем Потёмкин с Фёдором: не человекообразно Божественное!.. Не имать бо сличия человек к Богу ни по души, ни по чему иному, разве гласа, святый рече». Обмолвка протопопа Аввакума: «Исперва с Потёмкиным говорил и писал ты, Фёдор», – заставляет исследователей предположить, что Фёдор Иванов и Ефрем тесно общались в московский период жизни Ефрема. Охваченный напряжёнными эсхатологическими ожиданиями конца света, Ефрем одним из первых среди старообрядцев вместе со старцем Сергием (Салтыковым) покинул столицу и основал скит в заволжских лесах, положив начало знаменитому в истории старообрядчества Керженцу. На заседании Собора 30 апреля 1666 г. Ефрем показывал, что «ныне-де он, Ефрем, жил меж Нижнева Новагорода и меж Ветлуги на Козленицких болотах тому четвёртой год». Таким образом, уход Ефрема на Керженец исследователи относят ко второй половине 1662 г. Затерянный в глухих лесах, меж болот (Ефрем учил, что «реки все осквернены, только чисты болота»), скит находился, как доносил позже голова московских стрельцов полковник Авраам Никитич Лопухин, «от Нижнего вёрст з двести и болши за Волгою рекою в болших лесах меж болот, а те, государь, леса пошли к Ветлуге, тех лесов будет вёрст с триста и болши, сёл и деревень нет: всё леса».