30 июля 1968 г. Священный Синод издал определение, в котором осудил Ермогена за то, что он «по-своему истолковывал своё увольнение и выражал устно и письменно недовольство постановлением Священного Синода и при этом тенденциозно излагал некоторые стороны церковной жизни; в отношении Святейшего Патриарха, Священного Синода и других Преосвященных архиереев выражал недопустимую несдержанность...» Деятельность Ермогена была названа «неполезной для Церкви», определение его на архиерейскую кафедру сочтено невозможным, ему было указано и дальше жить на покое в Жировицком монастыре. В ноябре 1969 г. Ермоген обратился в Совет по делам религий с проектом внесения изменений в советское законодательство о культах. Он предлагал: допустить исполнение религиозных обрядов по просьбе верующих в домах, квартирах и на кладбищах без предварительного согласия местных органов власти; запретить уполномоченным Совета по делам религий вмешиваться в вопросы назначения священнослужителей; допускать священнослужителя в число учредителей религиозного общества; ограничить основания к закрытию церквей только прекращением существования религиозной общины, аварийным состоянием здания и его сносом по градостроительному плану. В беседе, состоявшейся в Совете по делам религий, Ермоген упомянул о противозаконном массовом административном закрытии православных церквей. В ответ зампредседателя Совета по делам религий заявил, что подобные обращения Ермогена используются за рубежом в «антисоветских клеветнических целях». Даже находясь на покое, Ермоген продолжал вызывать беспокойство властей, установивших за ним в монастыре негласный контроль. Под нажимом Совета по делам религий был смещён сочувствующий Ермогену настоятель Жировицкого монастыря архимандрит Михей (Хархаров, впоследствии архиепископ Ярославский и Ростовский). 26 апреля 1971 г., во время подготовки к Поместному собору для замещения вдовствующего после кончины патриарха Алексия I патриаршего престола, Ермоген обратился с письмом к Патриаршему Местоблюстителю Пимену (Извекову, со 2 июня 1971 г. – Патриарх Московский и всея Руси), в котором вновь поднял вопрос об изменениях, внесённых Архиерейским собором 1961 г. в организацию приходского управления, указав, что отстранение духовенства от управления приходом ведёт к расцерковлению приходской жизни, искажению пастырско-молитвенных отношений между священником и прихожанами, в обращение пастыря в наёмника, лишённого даже права быть членом общины, где он служит.