25 марта 1962 г. Ермоген направил письмо Н.С. Хрущёву, в котором опроверг обвинения представителей советской власти в адрес духовенства в нарушении религиозного законодательства и обратил внимание на то, что официальные лица своими действиями против церкви гораздо чаще, чем духовенство, вступают в противоречия с законодательными нормами и декларациями партийного руководства. Приводя примеры нарушений законов уполномоченными по делам РПЦ из разных епархий, Ермоген нарисовал картину повсеместного административного произвола по отношению к верующим и священнослужителям, заявляя, что «нарушение советского законодательства о культах именно со стороны уполномоченных стало нормой их деятельности». Вместе с тем он надеялся добиться примирения церкви с властями, предлагая составить служебную инструкцию для уполномоченных Совета по делам РПЦ, регламентирующую их отношения с архиереями и епархиальными управлениями. Предварительно Ермоген ознакомил с текстом письма Минского и Белорусского архиепископа Варлаама (Борисевича) и патриарха Алексия I. Послание получило широкую известность, распространяясь по неофициальным каналам. Ковровский епископ Афанасий (Сахаров), прочитав копию этого письма, сказал: «Почему у нас только один исповедник? Где же остальные архиереи, почему они молчат?» Вопреки опасениям острой реакции властей после письма в адрес Н.С. Хрущёва не последовало. Ермоген даже смог вернуться к активному церковному служению. 13 июня 1962 г. ему было поручено временное управление Омской и Тюменской епархией. Ермоген поставил в известность уполномоченного Совета по делам РПЦ о несогласии с практикой государственного контроля за деятельностью церкви и о том, что при исполнении советского законодательства о культах он выступает «не за дух, а за букву закона». В октябре 1962 г. Ермоген посетил в Москве председателя Совета по делам РПЦ Владимира Алексеевича Куроедова и представил документ по вопросам проводившейся в стране атеистической пропаганды, аргументированно показав её ошибки и перегибы даже с точки зрения постулатов марксизма-ленинизма. Уполномоченный по делам РПЦ по Омской области писал в отчёте в Москву, что он озабочен высокой теоретической подготовкой Ермогена в вопросах советского законодательства. В епархии Ермоген активно боролся против действий местных властей по закрытию храмов, давал благословения на сбор подписей под письмами в адрес центральных властей с требованиями открыть церкви. Действия архиерея были расценены как «идеологическая диверсия», по факту сбора подписей под обращениями граждан было возбуждено уголовное дело. Ермоген был привлечён по этому делу в качестве свидетеля, однако суд вынес в его адрес частное определение. Власти требовали перевода его на другую кафедру. 11 мая 1963 г. Ермоген был награждён правом ношения креста на клобуке, а 29 мая назначен управляющим Калужской и Боровской епархией. В Калуге постоянно подвергался сильнейшему нажиму со стороны местного уполномоченного по делам РПЦ. Ермоген регулярно вызывался «для бесед», ему делались «строгие предупреждения» по поводу «недопустимых действий», в частности, оказания благотворительной помощи.