У исследователей есть сведения, что 24 ноября 1927 г. Ермоген присутствовал на совещании в Ленинграде на квартире протоиерея Феодора Андреева, ставшем началом организационного оформления движения иосифлянства, но решительно отказался присоединиться к сторонникам митрополита Иосифа (Петровых). За иосифлянами пошла незначительная часть братии Киево-Печерской лавры, присоединившаяся к иосифлянской общине при Покровской церкви на Подоле в Киеве. 28 января 1931 г. Ермоген был арестован по обвинению в создании «контрреволюционной организации церковников, ставившей своей целью поднять вооружённое восстание», а также в проведении «нелегальных сборищ» и распространении «контрреволюционной литературы». 14 сентября приговорён Особой тройкой при Коллегии ГПУ УССР к расстрелу. Почти полгода провёл в одиночной камере смертника в ежедневном ожидании исполнения приговора. 2 января 1932 г. Коллегией ОГПУ расстрел был заменён десятью годами исправительно-трудовых лагерей. Отбывал срок в Темниковском, Саровском (в закрытой Саровской Успенской мужской пустыни), Алатырском лагерях, Севжелдорлаге. Проводил в лагерях церковные службы для заключённых. Из-за физической слабости был освобождён от общих работ, учил немецкому языку начальника лагеря. По его совету обратился с ходатайством о помиловании в связи с заболеванием туберкулёзом лёгких. 27 июля 1936 г. Президиум ЦИК СССР сократил срок заключения до восьми лет. Освобождён в январе 1939 г. Поселился в городе Шуша в Нагорном Карабахе, в июне 1941 г. переехал в Астрахань. В конце 1943 г. по просьбе Астраханского архиепископа Филиппа (Ставицкого) вернулся к иерейскому служению. 4 марта 1945 г. назначен настоятелем Преображенской церкви в Трусове, пригороде Астрахани. С 1 июня того же года – настоятель астраханского кафедрального Покровского собора и благочинный городских церквей. Неоднократно замещал архиепископа Филиппа при его отъезде из Астрахани в церковно-хозяйственных делах. С 1 марта 1948 г. находился на чреде священнослужения и проповеди слова Божия в Троице-Сергиевой лавре. По приглашению Ташкентского и Среднеазиатского епископа Гурия (Егорова; впоследствии митрополит), с которым имел давнее знакомство, продолжил служение в Средней Азии. С 13 сентября 1948 г. – настоятель Покровского собора в Самарканде. 1 марта 1953 г. хиротонисан во епископа Ташкентского и Среднеазиатского. Хиротонию в московском Богоявления соборе в Елохове возглавил Патриарх Московский и всея Руси Алексий I. Важнейшим из деяний Ермогена на кафедре была полная реконструкция кафедрального Успенского собора в Ташкенте (фактически речь шла о строительстве нового большого храма). Это было крупнейшим церковным строительством, осуществлённым за все предшествующие годы советской власти. Строительство новых церквей развернулось и в епархии. При епархиальном управлении было создано специальное подразделение по ведению строительных, ремонтных и реставрационных работ во главе с протоиереем Александром Кошкиным. Были построены новые храмы и молитвенные дома в Ашхабаде, в Самарканде и во Фрунзе (ныне Бишкек), во многих городах и населённых пунктах. В храмах проводилась реставрация настенных росписей, изготовлялись иконостасы.