В августе 1922 г. участвовал в устроенном митрополитом Михаилом в Киеве совещании архиереев вместе с представителями клира и мирян, на котором сделал доклад о событиях церковной жизни в Москве в связи с деятельностью группы «Живая церковь». По итогам доклада собрание приняло решение отмежеваться от «Живой церкви». В конце года ввиду болезни настоятеля Киево-Печерской лавры архимандрита Климента (Жеретиенко) Ермоген был назначен его заместителем. Несмотря на молодость, проявил себя энергичным организатором; основал для поднятия иноческого духа в лавре братство во имя Феодора Студита, устроенное на началах общежития. В ночь на 4 апреля 1923 г. арестован за «антисоветскую деятельность» вместе с викариями Киевской епархии, епископами Белоцерковским Димитрием (Вербицким), Черкасским Назарием (Блиновым), Каневским Василием (Богдашевским), другими священнослужителями, не признавшими обновленческое Высшее церковное управление. На следующий день отправлен в Москву, содержался в Бутырской тюрьме. 16 мая 1923 г. приговорён Комиссией НКВД по административным высылкам к двум годам ссылки в Марийскую автономную область. Срок отбывал вместе со священником Анатолием Жураковским в городе Краснококшайске (ныне Йошкар-Ола), где они почти ежедневно совершали богослужения, превратив свою квартиру в домашний храм. Склонили местное обновленческое священство к покаянию и возвращению в патриаршую церковь. За это Ермоген и Анатолий Жураковский были арестованы и три месяца находились в тюрьме. В ноябре 1924 г. Ермоген был досрочно освобождён из ссылки в связи с пересмотром дела и в декабре вернулся в Киев. После ареста настоятеля лавры архимандрита Климента встал вопрос о новом настоятеле. С 1924 г. Киево-Печерская лавра пользовалась правами ставропигии, выбор настоятеля, имевшего при совершении службы особые, сопоставимые с архиерейскими привилегии, производился монастырской братией с последующим утверждением высшей церковной властью. 5 октября 1926 г. Заместитель Патриаршего Местоблюстителя митрополит Сергий (Страгородский; впоследствии Патриарх Московский и всея Руси) утвердил единодушное избрание Ермогена братией Киево-Печерской лавры новым настоятелем. Ермоген проживал в Китаевской киевской мужской пустыни при лавре в одном небольшом домике с пребывавшим в лавре на покое архиепископом Димитрием (Абашидзе, с 1928 г. в схиме Антоний), который стал его духовником. После отказа лаврских монахов признать обновленческое управление власти в конце 1924 г. отобрали у Киево-Печерской лавры храмы, передав их обновленцам, но братии пока позволялось жить в кельях. Для старых и немощных иноков продолжала действовать богадельня. Богослужения совершались иноками в городской Ольгинской церкви и лаврских пустынях, ставших приходскими храмами. Благодаря умелому руководству Ермогена удалось наладить сносное существование обители. Ермоген отрицательно отнёсся к «Декларации» 1927 г. митрополита Сергия, полагая, что она принесёт церкви вред, но отделяться от митрополита Сергия не стал, т.к. считал, что это будет ещё большим вредом.