В черновые записки о Епифании, составленные в Выговской пустыни, был включён широкий круг исторических и легендарных преданий, в том числе рассказ, другими источниками не зафиксированный, о подаче Епифанием челобитной царю. Однако исследователи предполагают, что с появлением записок сбор сведений о Епифании не прекратился, об этом свидетельствует сделанная Иваном Филипповым (уже после написания «Винограда Российского») вставка в черновом списке выговского «Жития» Епифания: «О кончине блаженнаго Епифания и прочих с ним страдалцев в Пустозерском городке, како скончалися. Аще и не весма укрепляюся о сем, но обаче полагаю в судбы Божия, понеже не от своего смышления какова показах, но что слышах, то и написах зде.  Слышах от многих боголюбивых мужей, беседовавъших о отцех, скончавшихся в Пустозерском городке, како онии скончашеся» (вставленные Иваном Филипповым слова выделены курсивом). О почитании Епифания в старообрядческой среде свидетельствует также бережное хранение его рукописей и сделанных им крестов. Пётр Семёнович Смирнов сообщил, что в конце XIX в. в церкви села Кондопога и в часовне деревни Кодостров хранилось два креста работы Епифания с надписями о двуперстии. Наиболее ранним известным изображением Епифания, отражающим его почитание в поморском согласии, является его образ в молении, с нимбом, вместе с иноками Корнилием, Виталием, Геннадием, Кириллом и др. на поморской иконе первой половины XIX в. (музей истории религий). В одном из созданных в конце XIX – начале XX вв. в мастерской вологодских крестьян-старообрядцев Каликиных лицевых списков «Истории об отцах и страдальцах соловецких» есть условное изображение Епифания на миниатюре «Сожжение протопопа Аввакума, диакона Фёдора, Лазаря и Епифания». К этому же времени относится редкая икона «Священномученик протопоп Аввакум, священномученик Павел, епископ Коломенский, священномученик диакон Фёдор, преподобномученик инок Епифаний и священномученик иерей Лазарь» (опубликовано: Древности и духовные святыни старообрядчества: Иконы, книги, облачения, предметы церковные убранства архиерейской ризницы и Покровского собора при Рогожском кладбище в Москве. М., 2005 г.). Создание данного образа (гуслицкими или московскими иконописцами) отражает давно существовавшую в старообрядческой среде мысль о канонизации пустозёрских узников (в беспоповской Выговской пустыни было возможно только их местное почитание). Канонизация старообрядцами своих первых учителей стала возможна после появления в 1905 г. указа «Об укреплении начал веротерпимости». Однако, несмотря на то, что начиная с 1908 г. в старообрядческой периодике появлялись статьи о необходимости канонизации старообрядческих учителей, и подобные решения принимались местными съездами, прославление состоялось только 31 мая 1917 г. на Соборе российских старообрядческих епископов, постановившем праздновать память «святых священномученик и исповедник протопопа Аввакума, иерея Лазаря, диакона Феодора и инока Епифания, иже в Пустозерске сожженных» 14 апреля. В 1929 г. Максимилиан Александрович Волошин создал поэтическое переложение «Жития» Епифания.