На реке Суне он выстроил келью-пятистенку, одно из помещений которой предназначалось «рукоделия ради и покоя», и, когда эта келья сгорела, Епифаний сетовал: «Где рукоделию быти и от того питатися, по Христову словеси и святых отец?». Этот вид декоративно-прикладного искусства был весьма распространён на Русском Севере: помимо деревянной бытовой утвари (вёдер, ящиков и т.п.) Епифаний резал кресты малые тельные («воротовые») и большие поклонные (такой крест стоял перед его кельей в Виданской пустыни: «Многажды бо правило по книге на улице у креста болшово говорил»; с просьбой изготовить крест туда к нему приехал и некий христианин на лошади, «а на дровнях у него брусье изготовлено на большей крест» – этот крест под двускатной кровлей был им сделан за два дня). Исследователи предполагают, что Епифаний мог также изготавливать популярные на Севере иконы и кресты с изображением Распятия или Голгофского креста. По его словам, им было «больше пяти или шести сот зделано крестов». О том, какое важное место занимало в жизни Епифания это рукоделие, свидетельствует его «Житие», в котором он подробно рассказывает о случившихся с ним после казни 1670 г. двух чудесах, благодаря которым к нему вернулась возможность резать кресты. Рисунки Голгофских крестов Епифаний помещал и в переписываемые им вместе с другими пустозёрскими узниками сборники. В топорищах стрелецких бердышей Епифаний делал тайники, с помощью которых «на Русь» переправлялись публицистические послания и рисунки пустозёрских узников. За причастность к выступлениям московских старообрядцев во время крещенского водосвятия 1681 г., когда разбрасывались «свитки, богохульныя и царскому достоинству безчестныя», Аввакум, Епифаний, Фёдор и Лазарь были приговорены царём Фёдором Алексеевичем к сожжению в срубе. В старообрядческом предании о казни пустозёрских узников говорится, что останки Епифания не были найдены на пепелище, но многие видели «из сруба пламенем отца Епифания на воздух вознесенна вверх к небеси». Большинство исследователей отмечали незаурядный литературный талант Епифания. Его творческое наследие представлено двумя автобиографическими сочинениями («Запиской» и «Житием») и посланием. Краткая «Записка» заканчивается явлением Епифанию в Виданской пустыни соловецкого архимандрита Илии, повелевшего иноку оставить рукоделие и заняться составлением обличительной «книги». В «Житии» подробный рассказ об отшельнической жизни Епифания в Виданской пустыни продолжен повествованием о перенесённых им «темничных страданиях» и казнях. Исследователям представляется важным вопрос о соотношении двух текстов. «Записка» сохранилась в единственном списке в составе сборника инока Авраамия «Христианоопасный щит веры...». С.А. Зеньковский и А.Н. Робинсон пришли к выводу о независимом возникновении данных текстов. С иной точки зрения выступила Надежда Феоктистовна Дробленкова, которая считала, что «Записка» представляет собой «почти полный черновой набросок, основную канву... будущего Жития», созданного в Пустозёрске.