Свою обличительную «книгу» (в форме челобитной) Епифаний подал царю во время работы Большого Московского Собора в 1667 г., хорошо зная, какие суровые меры Собор принял против нераскаявшихся старообрядцев (Никиты Добрынина, протопопа Аввакума, диакона Феодора) в мае 1666 г. Согласно «Житию инока Епифания», созданному в Выговском общежительстве в 1730 гг., Епифаний на площади перед Успенским собором читал свои обличения «на патриарха Никона» и подал царю Алексею Михайловичу челобитную («книгу»). О.Я. Карманова считает, что Епифаний подал царю «книгу» 8 июля, в день празднования Казанской иконы Божьей Матери. Этот поступок привёл к аресту и заключению Епифания. По решению Собора 17 июля 1667 г. Епифаний «по премногом увещании… проклятию предаша», он был лишён иночества («иночества обнажиша и острищи повелеша») и вместе с Аввакумом и Лазарем предан светскому суду. На последнем допросе 5 августа того же года Епифаний вновь заявил о несогласии с богослужебными реформами, ссылаясь на «книгу», которую подал царю. 26 августа Аввакум, Епифаний, Лазарь и симбирский священник Никифор были приговорены к ссылке в Пустозёрск, 27 августа над Епифанием и Лазарем на Болотной площади в Москве была совершена казнь – отсечение языка. В Пустозёрский острог узники прибыли 12 декабря 1667 г., там их разместили поодиночке в крестьянских избах, 20 апреля 1668 г. сюда же был привезён Фёдор Иванов. Литературная деятельность Епифания и других пустозёрских узников, рассылка ими по стране обличительных писем и челобитных привели к тому, что 14 апреля 1670 г. в Пустозёрск прибыл из Москвы стрелецкий полуголова Иван Елагин, совершивший по царскому указу новую казнь над ссыльными: Епифанию, Лазарю и Фёдору вторично резали языки и рубили кисти правых рук, после чего они были заключены в земляных тюрьмах. Однако и эти наказания не прервали их писательской и проповеднической деятельности. Именно тогда Епифаний и его духовный сын Аввакум по взаимному соглашению и «понуждению» приступили к работе над собственными «Житиями», которые переписывались в совместные пустозёрские сборники. Епифаний всецело подчинился влиянию Аввакума, стал его близким другом и единомышленником. В период догматических споров Аввакума с Фёдором Епифаний, несмотря на осуждение им сомнительных с точки зрения православной догматики рассуждений Аввакума, не порвал с ним дружеских уз. Епифаний читал послания Аввакума, занимался редакторской правкой его сочинений, в том числе его «Жития», вместе с Аввакумом, Лазарем и Фёдором заверял копии Пустозёрских сборников, пересылавшихся для этого переписчиками из Центральной России в пустозёрскую тюрьму. Помимо писательского таланта Епифаний обладал искусством резьбы по дереву. Судя по словам самого Епифания, приведённым во второй части его Жития (написана около 1676 г.), о том, что он изготавливает резные деревянные изделия около 30 лет, этим традиционным для монаха рукоделием инок начал заниматься ещё в Соловецком монастыре, но особенно предавался ему во времена пустынножительства: «А живя я в пустыни, сподобил мя Бог питатися от рукоделия».