Несмотря на запреты уполномоченного, Епифаний направлял священнослужителей в незарегистрированные общины беглопоповцев, в частности, в село Семёновка Горьковской области, в городах Камышин и Михайловка Сталинградской области (священники Иоанн Боев, Пантелеимон Машинин, Исай Лестев). Священник Василий Абрамов (брат Епифания) был командирован архиереем в общины Оренбургской и Куйбышевской областей, священник Иоанн Блохин – в общины Закавказья, священник Иоанн Изюмов – в общину Сталинградской и Уральской областей. Епифаний совершал хиротонии: на куйбышевский приход он рукоположил священника Иоанна Тулупова и диакона Каллиника Сергеева (зачастую хиротонии не удавалось совершить из-за вмешательства властей). 31 августа 1956 г. в московском храме святителя Николы под председательством Епифания состоялось совещание епископов и священников Древлеправославной церкви, на котором обсуждались вопросы поставления священнослужителей и архиереев. Летом 1957 г. Епифаний в московском храме возглавил панихиду по архиепископу Иоанну. Тогда же он обратился в Совет по делам религиозных культов с просьбой разрешить поездку в Тбилиси, Кизляр, Новочеркасск и в Каменскую область (существовавшие там беглопоповские общины не имели регистрации) и получил отказ. 15 марта 1957 г. в Куйбышеве Епифаний вместе с епископом Евсевием (Самарцевым) совершил епископскую хиротонию Иеремии (Матвиевича) Новозыбковского. 4-6 декабря того же года Епифаний провёл совещание священнослужителей-беглопоповцев с участием епископа Евсевия (Самарцева). На совещании решались вопросы о кандидатах в епископы и в священники, финансовые проблемы. Епифаний ходатайствовал перед Советом по делам религиозных культов о переводе архиепископии в Москву, ему было отказано ввиду «перегруженности» столицы. 10-14 апреля 1960 г. Епифаний, епископы Иеремия (Матвиевич) и Евсевий (Самарцев), протоиерей Иоанн Исаев, священники Леонтий Дорофеев, Полиевкт Ефимов и другие священнослужители в мироварне куйбышевского Покровского храма совершили мироварение. Активность Епифания вызывала недовольство Совета по делам религиозных культов, местный уполномоченный требовал для архиерея «сурового наказания, а может быть, и снятия с регистрации». Давление властей на Древлеправославную церковь, как и на другие религиозные организации, усилилось в конце 1950 гг., одним из результатов государственной политики стало обострение внутренних нестроений среди беглопоповцев. Всё это стало причиной того, что в январе 1962 г. Епифаний, ссылаясь на преклонный возраст и нездоровье, ушёл на покой (15 января послал соответствующее уведомление уполномоченному Совета), 24 марта был снят с регистрации. 24 марта 1963 г. в сан архиепископа Новозыбковского, Московского и всея Руси был возведён Иеремия (Матвиевич).