В синодальную эпоху в соответствии с «Уложением о наказаниях» 1845 г. малое отлучение применялось самостоятельно или назначалось в дополнение к уголовному наказанию. Церковное покаяние осуждённые проходили в приходских церквах либо в монастырях. В синодальный период длительные отлучения, предусмотренные канонами, практически перестали применяться, а гражданско-правовые последствия малого отлучения ограничились лишением права быть поверенным в делах и свидетельствовать присягой в суде. В «Духовном регламенте» и позднейшем церковном законодательстве почти не затрагивались епитимии, налагаемые духовником при тайной исповеди; указом Святейшего Синода от 28 февраля 1722 г. предписывалось проявлять мягкость в отношении кающихся грешников: «...Исповедующего грехи свои, какие бы ни были, к причастию Святых Таин пропускать безотложно, ведая, что Бог истинно кающихся приемлет скоро». В 1734 г. вышел указ Святейшего Синода, согласно которому священник лишался права своей властью, без правящего архиерея, налагать епитимию в виде отлучения от причащения. В настоящее время суровые санкции, назначаемые древними правилами, практически не применяются буквально. Однако у духовника остаётся право выбора между более мягким наказанием и строгими предписаниями правил святых отцов, которые могут послужить врачеванию души согрешившего. В «Обращении к клиру и приходским советам города Москвы» Патриарха Московского и всея Руси Алексия II изложена позиция РПЦ по отношению к церковным наказаниям, т.е. к епитимии: «Каноническое отлучение от Причастия на длительные сроки за так называемые смертные грехи не есть мера Божественного возмездия за грех, осуждения и кары, но мера исправления, врачевания… Отлучение от Причастия действенно и потому применимо только для глубоко церковных людей, а таких среди современных исповедников меньшинство. Для большинства же людей, мало или недостаточно церковных, гораздо полезнее будет такая епитимия, как более частое хождение в церковь, чтение Священного Писания, чтение молитвенного правила утром и вечером, социальное служение больным, обездоленным и несчастным, во искупление своих грехов». Статья 6 о правилах наложения канонического прещения (наказания) «Положения о церковном суде Русской Православной Церкви (Московского Патриархата)», принятого Архиерейским Собором РПЦ 2008 г., указывает на необходимость учитывать причины совершения церковного правонарушения, образ жизни виновного и действовать в духе икономии в целях исправления либо в подобающих случаях – в духе акривии в целях покаяния виновного. В соответствии с Уставом РПЦ, принятым в 2000 г., отлучение от церкви налагается правящим архиереем или патриархом и Священным Синодом только по представлению церковного суда, который предварительно исследовал дело и вынес по нему решение. Архиерей принимает решение по делу о церковном правонарушении после рассмотрения дела епархиальным судом; канонические прещения, наложенные архиереем, утверждаются патриархом. Совершившие церковные правонарушения архиереи (за исключением патриарха) и клирики, поставленные на должности по решению патриарха и Священного Синода, подлежат общецерковному суду. Дела по догматическим и каноническим отступлениям патриарха рассматриваются Архиерейским Собором в качестве церковного суда первой и последней инстанции. Священник может налагать епитимию только в виде поклонов, раздачи милостыни, особо усердных покаянных молитв.