Входил в состав редакции либерального религиозно-философского еженедельника «Век». В 1907 г. вступил в созданный и возглавляемый Михаилом Александровичем Новосёловым «Кружок ищущих христианского просвещения». Занимая скромное место в кругу друзей – выдающихся философов, писателей, поэтов, А.В. Ельчанинов активно переписывался с ними, записывал их беседы. По свидетельству протоиерея Сергия Булгакова, друзья звали его Эккерманом при Вячеславе Ивановиче Иванове и П.А. Флоренском. Темы бесед и переписки А.В. Ельчанинова и П.А. Флоренского, сохранившейся в архиве П.А. Флоренского, легли в основу работы П.А. Флоренского «Эмпирея и Эмпирия» (1904 г.), написанной в форме диалога и посвящённой А.В. Ельчанинову. Долгое время А.В. Ельчанинов колебался в выборе между церковным служением и педагогикой. В 1906 г. благодаря П.А. Флоренскому познакомился с бывшим Вологодским  епископом Антонием (Флоренсовым), который проживал на покое в московском Донской иконы Божьей Матери монастыре; духовно окормлялся у него (впоследствии написал воспоминания о епископе Антонии). В 1909 г. опубликовал в серии «Народный университет» научно-популярную книгу «История религии». Глава «Христианство» была написана им совместно с В.Ф. Эрном, глава «Православие» – с П.А. Флоренским, кроме того, в книгу вошла статья Сергия Булгакова «О противоречивости современного безрелигиозного мировоззрения». В целом работа даёт представление об основных мировых религиях, кроме ислама. Отдельные главы посвящены первобытной религии, религии Древней Греции, буддизму, иудаизму. В главе «Христианство» повествование доводится до императора Константина I Великого, в главе «Православие» рассматриваются особенности (в том числе народно-бытовые) только русского православия, есть глава о русском сектантстве. Религиозная история человечества в книге раскрыта на основании богословских и историософских взглядов Владимира Соловьёва. Особое внимание А.В. Ельчанинов уделяет Священному Писанию Ветхого и Нового Заветов, следуя по пути научной критики и ориентируясь на представителей русской библейско-исторической школы. В книге рассматриваются исагогические проблемы, в частности, отмечается, что Пятикнижие в окончательном виде хотя и восходит к Моисею, но является «обработкой многих документов». В числе источников Пятикнижия указываются повествования Яхвиста, Элохиста и др. При этом не отвергаются догматическое значение, богодухновенность и каноничность Священного Писания. А.В. Ельчанинов поддерживал теорию двух источников, согласно которой Евангелие от Марка было источником для последующих евангелистов, а кроме того, существовал сборник изречений Христа, которым пользовались апостолы Лука и Матфей при составлении Евангелий. А.В. Ельчанинов склонялся к положению, что четвёртое Евангелие «было написано хотя и не апостолом Иоанном, но по его рассказам». В качестве центральной темы Нового Завета рассматривается учение о Царствии Божьем.